GAMGI

GAMGI 是一个开源且完全免费的软件项目，从头开始设计用于创建和分析原子结构。它具有图形用户界面，简单，干净，易于使用且功能强大。

该应用程序支持各种原子结构，如晶体，分子，液体和玻璃。它还支持230个晶体空间群，可用于执行3D Voronoi分析和点对称。

GAMGI支持许多对象类型，包括Text，Orbital，Bond，Atom，Direction，Plane，Group，Molecule，Cluster，Cell，Arrow，Shape，Graph，Assembly，Light，Layer和Window。此外，该程序提供对低级对象的最大控制作为原子。

在其他功能中，我们可以提到构建RCP（随机封闭包装）结构的能力，任何对称空间群的晶体，以及随机结构的协调多面体和Voronoi。它还可以确定任何点对称组。

附带全面的文档

另一个有趣的功能是能够在对象列表或先前突出显示的单个对象中执行操作。它带有全面的文档和原子数据，包括同位素数据和离子半径。此外，该软件可以操纵大量独立的窗口，灯光，包括点，方向和位置，具有各种可见性，参考，视口或投影的图层，以及可以被描边或挤压的3D文本字体。

GAMGI应用程序也可用于学校和大学，以教授物质的原子结构。对于从事原子建模工作的科学家，以及那些需要开源应用程序来研究原子结构并为其演示文稿准备图像的人来说，它是完美的工具。

什么是新的在此版本中：

• 更新了帮助 - ＆gt; Light和Atom对象的配置文件。
• 同步gamgi-g和gamgi-x树。
• 更新了gamgi_expat_import_object：使用新配置规则将Cell对象数据导入XML文件应该可以正常工作。
• 更新了gamgi_expat_export_object：使用新的配置规则将Cell对象数据导出到XML文件现在工作正常。
• 在Cell-＆gt; Create和Cell-＆gt;修改，原型向量和Axes向量现在会在模型更改时自动更新为默认（常规或原始）选项。
• 替换单元格＆gt; border = FALSE by cell-＆gt; borders = GAMGI_PHYS_NONE，in engine，gtk，expat和mesa code。
• 更新了gamgi_expat_export_config：将Cell配置数据导出到XML文件现在正常工作
• 更新了gamgi_expat_import_config：从XML文件导入Cell配置数据现在正常工作
• 改进了Cell-＆gt; Config对话框，以处理模型，边框，面和节点的默认值。
• 重新设计的对象 - ＆gt;配置对话框：配置数据现在在默认数据（在与对象 - >创建对话框中具有相同名称的页面中）和全局数据（适用于所有对象，旧和新的），在全球（最后）笔记本页面。受影响的对话框：Atom-＆gt; Config，Cell-＆gt; Config，Light-＆gt; Config。
• 已实施Cell-＆gt; Config对话框和基础结构。现在可以为GAMGI中的所有单元格全局设置单元格边框线，节点和矢量轴的大小，这是一项非常需要的功能。单元颜色和轴使用的默认值也已设置。
• 修正了gamgi_gtk_bond_create中的问题：static_init中设置的颜色忽略了之前的配置数据。
• 修复了gamgi_mesa_draw_pick和gamgi_mesa_draw_grab中的问题：单元格渲染点宽度设置为线宽而不是点宽。

版本中的新功能：

• 修正了刚刚介绍的错误：删除GL上下文后，我们无法取消GDK visual。刚删除此代码。显然，当小部件被销毁时，GTK就会这样做。
• 改进了gamgi_gtk_area.c，用于X版GAMGI，用我们自己的基于GLX的代码替换GTKGLExt库。 Javier Cabezas将此代码移植到GTK 3并且工作正常！返回移植后的更改，因此GTK 2和GTK 3的代码之间的差异非常小。
• 由于a，b，c单元轴，我们不能使用r，g，b颜色。
• 改进了轨道中的轴布局 - >创建和轨道 - >修改对话框。
• 将轨道中的标签模型更改为范围 - >创建和轨道 - >相应地修改和更改了帮助界面。
• 选中了所有帮助格式文档页面。
• 更新了群集格式的帮助文档。
• cluster-＆gt; paint数组不再以零终止。
• 同步gamgi和gamgi_exp分支。
• 在XML文件中，在组元素中，通过引用替换属性类型。
• 更新了平面和方向格式的帮助文档。
• 更新了组接口和格式的帮助文档。
• 将欧盟商标GAMGI更新至2024年。
• 将源代码和文档许可证更新为GPL v3。
• 开始使用sha256sum校验所有分发文件。
• 将gamgi.org域名注册更新至2020年。

版本0.17中的新功能：

• 修复了GAMGI分支中不需要GtkGlExt库的makefile错误（在gamgi0.15.6中引入）：make_rules包含不应该存在的gtkglext依赖项。
• 飞机，现在可以通过投影网选择方向：Wulff或Schmidt。
• gamgi和gamgi_exp分发树之间的同步代码，文档和数据文件。
• 检查dat /轨道XML文件以更新轨道轴属性。
• 检查所有dat / XML文件，以原子元素中的标签替换属性类型。
• 检查所有dat / XML文件，以便按模型，平面，方向，单元格元素替换属性类型。
• 为了保持一致性，全局替换了net在方向和平面代码以及XML元素中的名称投影。
• 为了保持一致性，在单元格，平面，方向代码和XML元素中按模型全局替换名称类型。
• 将标签类型更改为单元格中的模型 - >创建和单元格 - >修改。
• 更改标签方法以键入Bond-＆gt;创建。
• 更新了帮助 - ＆gt; XML平面和方向对象的格式文档。
• 更新了帮助 - ＆gt;平面中类型和投影的接口文档 - >创建，平面 - >修改，方向 - >创建，方向 - >修改。
• Debye-Waller原子温度现在只能在0.0（蓝色）和100.0（红色）之间取值，如本分析中通常的那样。
• 更新了Bond对象的接口和格式文档。
• 修正了默认的Debye-Waller原子温度：新值为0.0，对应于具有众所周知位置的原子。
• 更新了Atom和Cell对象的格式文档。
• 帮助 - ＆gt;当前和帮助 - ＆gt;主题现在可以阅读Orbital-＆gt;修改的文档。
• 为Orbital撰写文档 - ＆gt;修改。
• 更新了Orbital-＆gt;创建文档。
• 轨道轴现在以更简单的方式处理，包括Orbital-> Create，Orbital-＆gt; Modify和XML原生文件。
• Orbital-＆gt; Select现在适用于所有选项，包括可用于选择轨道的许多属性。
• 稍微简化了gamgi_gtk_select _ *。c。
的功能
• 修正了H轨道代码中的两个错误，在GAMGI 0.16.6中引入：1）术语rho ** L（来自Laguerre多项式）和1 / r ** L（来自Legendre函数）相互抵消，除了遗失的常数。 2）默认半径计算缺少rho ** L term。
• 现在可以通过模型选择平面列表：Polygon，Pole，Trace，Vector。
• 现在可以通过模型选择路线列表：Line，Pole，Trace。

版本0.16.8中的新功能：

• 在立体投影中，在极点位图（GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP）中稍微提高了z高度，因此它们总是出现在迹线上方。这样可以修复视觉故障，但也可以更容易地选择带有痕迹的杆，因为颜色现在已经清晰分开。
• 同步gamgi和gamgi_exp代码分支。
• 在Plane-＆gt; Modify and Direcyion-＆gt; Modify中更新了static_press，因此自动名称设置不会覆盖对象名称。
• 平面中的自动名称更改 - >修改和方向 - ＆gt;现在，修改工作正常，适用于晶面，方向。
• 在平面中找到并删除了一个错误 - >创建和方向 - >创建：在某些情况下，忽略了用户指示的对象名称。
• 在平面中找到并删除了一个严重错误 - >创建和方向 - >创建：使用先前使用列表第二级对话框创建的列表创建平面/方向后，这些错误未正确重置。在某些情况下，这可能会导致GAMGI崩溃。
• 在平面中找到并删除了一个错误 - >创建和方向 - >创建：极点和跟踪不是在需要时同时创建的，每次只有一个。
• Orbital-＆gt; Select正在运行。与其他对象一样，可以复制，链接，选择，修改，删除轨道列表。
• 同步gamgi和gamgi_exp代码分支。
• 固定单元格 - >链接：对于单元格列表，对象（上方和下方），水晶和随机模式，它（再次）正常工作。
• 找到并删除了一个简单但严重的错误：当多个窗口打开且对象列表处于活动状态并被选为当前对象时，重置（但不是退出）会使Gamgi崩溃。
• Cell-＆gt; Link Random（RCP）无效：由旧代码替换。 Cell-＆gt; Link需要更多的工作。
• 再次使用-O3标志进行编译。
• 修复了所有对象 - >选择对话框中的严重错误，方法区域：当采样矩形未完全位于图形区域内时，某些采样颜色将不确定，按下确定时GAMGI将崩溃。很久以前就发现了撞车事故，但直到现在还不清楚原因。

版本0.16.7中的新功能：

• 同步gamgi / dat和gamgi_exp / dat数据树。
• 同步gamgi / doc和gamgi_exp / doc文档树。
• 同步gamgi / src和gamgi_exp / src代码树。
• 修复了Orbital中的更多GUI故障 - >修改。
• 固定轨道 - ＆gt;修改崩溃：轨道 - ＆gt;点必须重置为0.
• www.gamgi.org和ftp.gamgi.org现在由位于Lisboa大学IT中心的VM提供服务。希望这意味着更可靠的连接和更少的时间。
• Orbital中的自动名称更改 - >现在修改工作正常。
• Atom中的自动名称更改 - >现在修改工作正常。
• 在Atom-＆gt; Modify。
中实现了自动名称更改
• 在Orbital中实现了自动名称更改 - ＆gt;修改。
• Orbital-＆gt;修改现在适用于单个轨道。轨道列表应该在下一个版本中工作。
• 翻译，轮换，现在可以正常使用Orbital-＆gt;修改。
• 用于轨道的static_apply-＆gt;主要完成修改。
• 完成了轨道的static_grab-＆gt;修改。
• 为Orbital添加了static_ok_global和static_ok_local-＆gt;修改。
• 完成了轨道的static_press-＆gt;修改。
• Orbital-> Modify的GUI行为已基本完成。
• 开始使用Orbital-＆gt;修改和轨道 - >选择。
• 更新了gamgi_mesa_pick.c和gamgi_mesa_grab.c，以考虑轨道的实体表示。
• 修正了轨道轴mesa绘图代码中的一个小错误。
• 拉盖尔多项式有一个因子r ** L（L =角量子数），它与勒让德函数的因子1 / r ** L完全相反，因此H轨道的数学描述变得更加简单！感谢Jose Luis Martins指点我！对于这种低概率密度（1E-6），数值问题是如此敏感，以至于在这种简化之后，即使对于L = 1，轨道视觉表示也会有所不同。

版本0.16.6中的新功能：

• 同步gamgi / dat和gamgi_exp / dat源代码树。
• 同步gamgi / src和gamgi_exp / src源代码树。
• 添加了屏幕截图，显示了轨道的新表示。
• 确定轨道默认采样半径时略微增加theta，phi精度：针对（6,5，-5）轨道（6hy5）进行测试。
• 调试代码以在固体轨道中执行信号插值。现在工作正常！这实际上是在GAMGI拥有世界级轨道代表的最后障碍！截图时间！今后我们将尝试减少顶点，法线和三角形的数量，我们可能会实现Gorauld着色，但这些都不会改变我们当前模型的科学和视觉能力。一杯港口庆祝！
• 实现了一种在固态轨道上执行信号插值的方法，以解决前面发现的信号变化不准确问题。
• gamgi_chem_orbital.c和gamgi_chem_orbital.h中的清理代码。
• 修正了一个错误：轨道概率密度没有正确导出到XML文件。
• 轨道轴现在更易于使用，并有更多选择。
• 信号代码现在正在运行：3D轨道看起来非常棒，但信号代码必须精炼，因为当信号发生变化时，缺少插值会导致过多的视觉噪声。
• 修正了交换正三角形和否定三角形的代码。
• 修复了static_edge中的信号插值代码。
• 解决了与轨道等值面洋葱效应相关的插值问题：力分数达到[0,1]范围。
• 固定轨道固体码边缘方向：这是精确插值所必需的。
• 修正数值不准确：只是一个分裂立方体的错误（如在3D国际象棋棋盘中）。现在看起来很棒！
• 调试固体轨道3D代码，显然工作正常，表面仍有一些数字不准确。

版本0.16.5中的新功能：

• 现在可以导出轨道对象，导入到GAMGI原生XML文件。用循环和堆栈版本替换了递归static_outside例程，从而消除了固体轨道代码中的关键瓶颈。修复了GTK代码中的mem泄漏，按颜色选择对象的sintax错误，未使用的变量引起的警告等。

版本0.16.4中的新功能：

• 同步gamgi和gamgi_exp源分支。
• 更新了make_local，包括路径：-I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include，-I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include，used由Ubuntu。
• 修正了新实体轨道代码中的一个错误：r长度测试在有线表示中有意义，但在实体代码中没有意义！
• 在最坏的情况下，新的递归代码适用于160x160x160的位数组。
• 查找外表面的递归代码会因大于50x50x50的位数组而崩溃。寻找循环替代方案。
• 轨道代码：波函数插值产生基于三角形的表示非常有效。
• 基于H的轨道中平面曲面的基于三角形的2D立体渲染现已经过良好测试，工作正常！这对于构建这些轨道的基于八分圆的表示非常重要，用户可以选择要显示的八分圆。
• 添加了新的镜像，http：//atom.ist.utl.pt和ftp://atom.ist.utl.pt，以便将来主持gamgi.org。
• 为高温β-石英，β-方石英和β-trydimite添加了漂亮的结构和信息文件。
• 实施了一个新镜像：http：//gamgi.ist.utl.pt/或http://www.gamgi.ist.utl.pt/。
• 简化了在有线模式下选择H-Orbital八分圆的方式。
• 对于每个H轨道八分圆，编写拓扑代码以构建描述外部三维等值面（四维立方体算法）所需的所有三角形，以及内部二维八分圆边界。
• 对于每个H轨道八分圆，编写并测试了消除内部等值面所需的位数组代码，并仅显示外部等值面。
• 在gamgi_chem_orbital.c。
中简化了八分圆二进制代码

版本0.16.3中的新功能：

• 提高了所有对象 - >复制对话框的可读性。
• 添加了Orbital的文档 - >创建，轨道 - >复制，轨道 - >链接和轨道 - ＆gt;删除。
• 升级帮助 - ＆gt;当前和帮助 - ＆gt;主题分配轨道 - >创建，轨道 - >复制，轨道 - >链接，轨道 - ＆gt;删除。
• 同步gamgi和gamgi_exp树。
• Orbital-＆gt; Link现在正常工作（尚未实施的轨道列表）。
• 修复了所有link_object.html文件中的小故障，当帮助子系统尝试打开其中一个文件时，会出现GAMGI错误消息。
• Orbital-＆gt;复制现在正常工作（尚未实施的轨道列表）。
• Orbital-＆gt;删除现在工作正常（尚未实施的轨道列表）。
• 开始构建对话框轨道 - >复制，轨道 - >链接和轨道 - >删除。
• Orbital-＆gt;创建对话框中的Octants布局现在更加直观。

版本0.16.2中的新功能：

• 同步gamgi /（使用GtkGLExt）和gamgi_exp /（使用GLX）版本。
• 过滤量八分圆现在可以正常运行H轨道。
• 完成搜索基于H的轨道的最佳默认值。默认密度为1E-6，需要显示6s轨道中的所有区域。积分是50000 x n，这是一个合理的妥协。从f2r2径向密度的最后一个最大值加上2.0最小长度扫描计算默认半径，直到最大密度（在θ上搜索，phi）变得低于默认密度。
• 改进，重新设计了轨道 - >创建对话框。
• H轨道现在在Gamgi工作正常。现在查看最佳默认值。
• 添加了构建和渲染H轨道所需的所有代码。
• 优化H轨道代码以提高速度。
• 对于所有基于氢的轨道，从n = 1到6，计算出径向polinomia maxima的距离。
• 对于从n = 1到6的所有氢基轨道，计算出径向polinomia零点的距离。
• 现在可以像任何其他Gamgi对象一样创建，缩放（围绕当前中心），移动，旋转轨道对象。
• 完成对话轨道 - >创建以构建基于氢的轨道。
• 编写图形引擎代码，以虚线模式渲染基于氢的轨道。
• 在笛卡尔x，y，z坐标中添加并测试了n，6的s，p，d，f，g，h氢基轨道。

<强>要求：

• GTK +