ProteoIQ是一套全面验证，并通过流行的质谱分析平台和数据库的搜索引擎结合起来的结果量化的蛋白质。用动态提取离子色谱图，以查看每MS谱在任何时间点的能力，并以手动选择的峰面积的能力，ProteoIQ提供控制的最终水平。
ProteoIQ提供了一个完全可定制的界面，以支持任何形式的生物注解。您可以蛋白定量结果相比较，很容易对生物途径，蛋白质定位，蛋白质功能，甚至比较转录丰度。每个蛋白质鉴定ProteoIQ可以链接到任何外部或内部的知识数据库。自定义链接提供给GenBank中的UniProt，IPI，和SWISSPROT数据库，甚至是内部LIMS
什么在此版本中是新的：
- 支持SQT和MSF文件格式
ProteoIQ现在支持SEQUEST SQT和蛋白质组发现者V1.4 MSF文件格式。
- 支持目前的ProteinPilot修改
ProteoIQ现在支持所有这些都是由ProteinPilot数据库搜索引擎所支持的修改
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