E-Cell System

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E-Cell System
软件详细信息:
版本: 3.2.2
上传日期: 11 May 15
许可: 免费
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E-Cell系统是在计算机上虚拟构造单元的概念。
E-Cell系统是一个面向对象的软件套件进行建模,仿真和大型复杂的系统,如生物细胞,经高桥耕一架构,并通过编写一个美妙的开发团队分析。系统,E-Cell模拟环境版本3,核心部分允许具有不同时间尺度的共存受到多个算法许多组件。
电子电池项目是一个国际研究项目旨在开发必要的理论支持,技术和软件平台,允许精确的全细胞模拟。
E-Cell系统由以下三个主要部分组成:
- E-Cell模拟环境(或E-Cell SE)
- E-Cell模拟环境(或E-CELL ME)
- E-Cell分析工具包

功能

    <李班=“bbli”>基本功能:
  • 在面向对象的建模和仿真复杂系统。
  • 插件架构。新的用户对象类可以开发,动态加载,并在模拟中使用。

  • 在模拟过程中
  • 实时用户交互和可视化。

  • <李班=“bbli”>脚本:
  • 模拟会话的Python脚本(启动/停止/参数操作/数据处理等)。
  • 的模拟实验,涉及的模拟会议多次运行Python脚本(如参数调整,代谢控制分析等)
  • 在模型文件生成的Python脚本(如从数据库中自动模型建设)。

  • <李班=“bbli”>兼容性:
  • 在SBML水平1/2进口。
  • 在SBML水平1/2的出口。

  • <李班=“bbli”>并行计算:
  • 共享内存,单个模拟会话的多线程并行化。 (要合并到主分支。)
  • 集群和网格的分布式多模拟会话计算。 Sun Grid Engine的,(Globus的工具包)。

什么在此版本中是新的

  • 在这个版本增加了各种错误修正

什么是新的版本3.1.107 RC2:

  • 修正了一个在ecell.Session.saveLoggerData错误()。 (森吉)
  • 修正了ecell.ECDDataFile的错误。 (森吉)

什么是版本3.1.107 RC1新

  • 在固定编制的新的海湾合作​​委员会(GT的问题; = 4.3)。 (森吉)
  • 集成到pyecs pyecell。 (森吉)
  • 在合并ecell.emc到ecell.ecs,以避免在某些平台上(包括Mac OS X)静态初始化的怪事。 (森吉)
  • 在两个GUI前端(会话监控和模型编辑器)被重新成为Python模块,ecell.ui.osogo和ecell.ui.model_editor两个包。 (森吉)
  • 感动GtkSessionMonitor到ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor驻留在ecell /前端/ SESSION_MANAGER。 (森吉)
  • 更名为ecell.SessionManager ecell.session_manager。 (森吉)
  • 删除从ecell.ecs_constants以下常量。 (森吉)

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