NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++工具包提供免费，携带方便，公共领域图书馆没有任何限制使用。它的工作原理在Unix，微软Windows和Mac OS平台：
ยท网络和进程间通信（IPC）库的iostream适配器
ยท多线程库
ยทCGI和快速CGI库
ยทHTML生成库
ยทSQL数据库访问图书馆
ยทC ++包装BerkeleyDB的库
ยทC ++的iostream适配器/包装库
ยทGZIP和BZ2 C ++库包装用的iostream适配器
ยทASN.1和XML串行化库用C ++代码生成工具（datatool）
ยท日期和时间库
ยท文件系统函数库
ยท命令行参数，配置和环境处理库
ยท序列比对算法库
ยทBLAST引擎库
ยท生物序列检索和处理库
ยท便携式FLTK和OpenGL的基于图形用户界面和图形库
除上述之外，还有很多更多有用的库，通用和生物技术相关的不断开发，维护和数以百计的网站和独立应用程序以及它们的程序员用在现实生活的生产（也算在数百）。
如果你是一个C ++开发人员，你会发现图书馆建设跨平台应用程序非常有用的便携性，即使你没有在生物信息学的兴趣。库如那些用于CGI /快速CGI，HTML，网络，SQL数据库访问，ASN.1以及XML序列化是非常通用的，可以在各种生物信息学问题域之外的应用中使用。
在C ++工具包经过积极发展与图书馆正在修建每一个夜晚。源代码是免费提供的，通过FTP和CVS。本文档中的C ++工具包是在NCBI书架格式可在网上，也可以作为可下载书籍在Acrobat的PDF格式

什么在此版本中是新的：

• 要点：
• 添加LDS2（本地数据存储第2节），这是基于SQLite3的，具有新的功能和更好的性能。还实施LDS2数据加载器使用LDS2从对象管理器。
• 在XmlWrapp - 这方便的XML处理API已基本完成（甚至抛光）。
• 在实现隧道和HTTP连接和安全套接字隧道的授权，通过HTTP代理服务器。
• 在CFormatGuess现在允许GTF，GFF3和GFF2区分。这是一个有可能突破的变化。欲了解更多详细信息，请参阅下文。
• 在CFeatTree实现的主要部分，类组织在生物序列成层次结构中定义的功能，反映了他们的父子关系（基于特征的亚型）。
• 在corelib的：
• 在实现区域独立字符串转换为双和后端;改变的核心库来使用它。
• 在NSTR ::对齐（） - 文本的段落格式
。
• 在CNcbiApplication - 让FindProgramExecutablePath静态的，更强劲;添加静态更高级别GetAppName方法。查找全局配置文件在更多情况下。
• 在CMetaRegistry :: FindRegistry - 新的方法暴露逻辑确定要加载的文件（如果有的话）
• CEnvironmentCleaner - 新类抛弃不必要的环境变量
• 在CFileIO - 回到原来的行为。如果它通过SetFileHandle（）分配不关闭文件句柄
• SERIAL：
• 在AnyContent数据对象的序列化 - 固定认识和妥善处理他们的属性值
。
• 修正的XML数据的读出要分配给时，它不具有内容元素的默认值。
• 在增加了对元素，其中的元素有一个默认值序列的支持。
• 在DATATOOL：
• 修正代码生成的：
• 在CHOICE数据对象;
• 在二进制数据与属性的类型。
• 在双类型值修正转换保存更多显著的数字。
• 在CONNECT：
• 新增的keepalive套接字选项（fSOCK_KeepAlive）。
• 添加NCBI连通性测试（CConnTest）。
• 在UTILITES：
• g_FindDataFile - 新功能定位数据文件（配置）的标准位置
• CChecksumStreamWriter - 新类来计算写入流数据的校验和
• 在g_GZip_ScanForChunks（） - 新的API，查询压缩数据流的位置。增加了实施的越来越里面连锁gzip文件独立的gzip文件的位置。
• 在添加压缩/解压缩流操纵（包括/ UTIL /压缩/ stream_util.hpp）。
• 在CFormatGuess（UTIL / format_guess。{H / C} PP）更新，以可能破坏变化。这样做的目的是为了让CFormatGuess GTF之，GFF3和GFF2区分。目前，它把所有的这些格式转换成一个'eGtf的价值。旧的'eGtf'值（3）被替换为'eGtf_POISONED'，和将不再次返回。对于“eGtf”（21）的新值将意味着应阅读CGtfReader（objtools /读卡器/ gtf_reader.hpp）的文件。新值'eGff3'（22）是用于文件意味着被读取CGff3Reader（objtools /读取器/ gff3_reader.hpp），和'eGff2'（24）是用于文件意味着被读取CGff2Reader（包括/ objtools /读者/gff2_reader.hpp）
• 在BIO-对象：
• 在CBioseq :: GetNonLocalId - 新的方法来帮助从在更多的情况下，规格品种齐全FASTA文件导入到位序列;通过CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull（同样新）包裹。
• 在CSeq_id :: IdentifyAccession - 实施或提高识别更多的前缀（GA，HH，HI，HO-HU，JA-JO，EAAA-EZZZ和IAA-IZZ，其中一些对应DDBJ新的可能性TPA WGS数据）和混合式TPA蛋白的加入（主要来自EMBL，但一些从GenBank中太）。
• 在区分WGS主的加入了一个新的标志位。放宽严格的PDB识别逻辑。
• 在CSeq_id :: IsValidLocalID，CSeq_id :: ParseIDs - 与纯文本序列标识符工作的新功能，分解CFastaReader了出来，全身有点
• 在SSeqIdRange - 新型（完整的解析器和飞＆QUOT;迭代器＆QUOT;）与SEQ-id取值范围在某些FASTA defline源修饰工作，因为目前
。
• 在BIO-工具：
• 在CFastaOstream - 可选接受定制标题为单一序列。标签负链范围与领先的'C的。
• CFastaReader - 支持负链范围和亮片的紧凑defline式间隙语法（？＆QUOT;＆将N＆QUOT;其中N是一个数;或＆QUOT;＆GT; unk100＆QUOT）
• 在COBALT：
• 添加命令行选项-num_domain_hits限制每个序列在计算比对限制使用的保守结构域的数量。
• 在系统进化树：
• 在增加更高级别的接口，从序列比对计算系统进化树（如BLAST和钴的结果）。类CPhyTreeCalc计算进化树，并CPhyTreeFormater打印树的Newick和Nexus格式。
• 在BIO-对象库：
• 在实现CheckNumRows（）等方法进行稀疏的路线。
• 要减少内存占用：加读挂钩，以减少使用的反序列化后的路线记忆;娜股现在使用的内存在可能的情况一个字节; Score.value选择现在嵌入CScore。
• 在大写加入在CSeq_id :: GetLabel（）。
• 在BIO-对象管理器：
• 新增getter方法​​在CTableFieldHandle布尔字段。

基于CFeatTree
• 在添加GetBestGeneForFeat（）。
• 在实现GetBestOverlappingFeat（）上CFeatTree。
• 在增快的cscope :: GetTaxid（）。
• 在实现批量装车的ACC /版本，GI，标签和taxid。
• 在增加长度为零的空白检查CSeqMap和CSeqVector。
• 在实现对GetLength（）和GetCoverage（）债券的位置。
• 改进：
• 在添加辅助方法，以填补CFeatTree上的位置。
• 在加快简单CSeq_loc_mix位置映射CFeat_CI。
• 在严格排序的CFeat_CI功能，以避免歧义。
• 在CSeq_feat_Handle干将现在序列表工作的特点了。
• 在序列表的功能现在支持多级用户领域。

如果位于分割块
• 在非序列-SEQ壮举桌，现在公认的平衡。
• 在加快CBioseq_Handle :: ADDID（）。
• 在优化的cscope :: AttachXxx（）。
• 支持命名标注的分裂。
• 在CSeqVector和CSeqVector_CI的CanGetRange（）现在返回的错误，而不是抛出异常。
• 允许指定如何处理现有的手柄中ResetHistory（）。
• 在优化的重新养育如果有更多的功能被添加到CFeatTree。
• 在时间的可能性调试cscope的创建/删除。
• 在许多变化到C ++清理功能模仿已经存在于C.还有更多的工作需要与BasicCleanup完成，但已经取得了进展显著的清理功能。一些工作已经做了ExtendedCleanup作为呢。
• 在CSeq_loc_Mapper现在可以用GC-大会初始化。
• 在错误修正：
• 在固定在CFeat_CI负链结构的位置映射。
• 在许多修复的CFeatTree连接功能的方式。
• 在几个线程安全补丁。
• 修正了错字防止增加对齐和图​​表来CSeq_annot_EditHandle。
• 在防范例外CFeat_CI排序功能的时候。
• 在GenBank中LOADER：
• 在注册HPRD外部注解。
• 添加可选exclude_wgs_master参数在pubseqos / pubseqos2读者。
• 在实现批量装车的ACC /版本，GI，标签和taxid。
• 添加CGBDataLoader :: CloseCache（）。
• 改进：

在cscope的:: GetBioseqHandles
• 使用批量加载请求（）。
• 在通过加载斑点类型单独统计的读者。
• 添加时间戳GenBank中调试消息。
• 使用IConnValidator打开PubSeqOS连接。
• 新增拆分版本块请求和块子项在GenBank中的缓存，以避免使用错误数据块时，一滴分裂状态的ID改变。
• 新增二级少混淆参数名称开超时。
• 请不要再乘以连接数重试次数。<​​/ li>
• 在对象管理器测试和演示应用程序：
• id2_fetch_simple - 添加-id选择任意序列-ID的
• test_bulkinfo - 新的测试应用程序
• 在FASTA：
• 在C ++功能表的功能已经取得了更多的功能，如为BankIt项目的一部分。
• 在asn2flat工具<​​/ li>
• 变为简单文件格式化的巨大数量，使其更接近释放准备就绪状态（可能释放准备在这一点上，虽然一些相对较小的问题仍然）。
• 在XMLWRAPP：
• 在固定分段故障的情况下采取参考XPath表达式运行结果。
• 新增佣工获得公共ID，系统ID和DTD名称外部和内部的子集。
• 添加的方法来查找节点属性。
• 在固定的XPath表达式的执行：现在开始从给定的节点
• 在固定搜索属性（包括默认）提供了一个命名空间的时候。
• 在增加，而不需要显式注册的命名空间中运行XPath表达式的能力。
• 添加到提供集装箱在解析文档收集错误和警告的能力。
• 添加修改节点的默认属性值和命名空间的能力。
• 新增能力测试，如果属性是默认的。
• 添加到插入或删除属性，同时考虑到其命名空间的能力。
• 添加脱衣XML声明时，文档保存能力。
• 在WindowMasker：
• 在增加了一个新的输入格式，＆QUOT; seqids英寸;与该输入格式，所述输入是一个包含在每一行的序列ID的文件，并且该算法使用生物对象管理器来查找序列。
• 在添加了一个新的类CWinMaskConfig，用于存储所有WindowMasker配置参数。这个类可以用来所需的命令行参数的命令行参数添加到CArgDescriptions，然后得到的配置参数。
• 在BUILD框架（UNIX）：​​
• 在解释APP_PROJ或LIB_PROJ的命令行参数的提示来清除不还提供有其他的* _PROJ设置。 （需要GNU制作;建立与Sun使像以前一样继续工作）
• 在供应更多的子目录中的目标：* _f（采用按需生产的本地平坦的makefile，上树的其他部分忽略依赖关系），* _fd（包顶级Makefile.flat），clean_sources和purge_sources
• 在配置和便利性脚本（编译/ UNIX / * SH。）：
• 在值得关注的新标志--without-3psw - 不与任何第三方软件的使用
• 在增加了一个检查GLEW。
• 在改进检查加速和OpenGL。
• 支持指定的达尔文（苹果机）与现代工具链系统的运行路径。
• 在BLAST：
• 在达尔文键（Mac OS X），仅用于英特尔处理器构建，甚至另有通用构建由于PowerPC的工具链的限制。
• 新增用于检索NCBI分类标识为其WindowMasker支持可支持。
• 在允许一个查询序列的说明连同PSIBLAST多序列比对文件。
• 在数据库中添加硬屏蔽的支持。
• 在增加数据库的软屏蔽的翻译搜索。
• 在增加了对BTOP（BLAST回溯操作）和查询和主题长度在表格报告的支持。
• 在命令行应用程序 - 让PSIBLAST搜索多个查询，添加可选-input_type的makeblastdb
• 在允许使用的blast2sequences模式最好的命中和XML的。
• 在提高性能的格式进行远程搜索。
• makembindex现在可以直接从利用存储在数据库的BLAST遮蔽信息的BLAST核苷酸数据库建立掩蔽MEGABLAST索引。这是由新的命令行选项-db_mask完成到makembindex。该选项接受了BLAST数据库支持的滤波算法的整数ID。只能一并施加-iformat blastdb的选项。
• 要协助寻找出一个BLAST数据库支持的过滤算法的数字ID用户，标志-show_filters介绍。施加标记与-iformat blastdb和BLAST数据库作为输入导致makembindex以输出可用滤波算法和出口的列表。
• 在应用的NetCache：
• 的NetCache被修改，以包括以下特点：
• 在更好地管理磁盘空间;
• 在与斑点锁定工作少，版本是用来代替;
• 在多端口监听和每个客户端设置差异。
• 的NetCache和使ICache的API：
• 使用UINT8处处为BLOB大小。
• 在允许部分Blob检索。
• 在介绍一滴密码保护;空密码被视为没有密码。
• 在工作节点的API：
• 在终止工作节点，如果它的内存消耗超过规定限额的新参数（参数＆QUOT; total_memory_limit＆QUOT;）
。
• 在终止工作节点，如果其运行时间超过规定限额的新参数（参数＆QUOT; total_time_limit＆QUOT;）
。
• 在电网应用：
• 在netscheduled
• 修正了队列删除命令没有回答一个bug。
• 在remote_app <​​/ li>
• 在新的配置参数（＆QUOT; TMP_DIR＆QUOT;）来控制目录的名称是如何产生的暂时性 - 减少其长度
• 请BLOB写入错误。
• 在netcache_control
• 在允许部分Blob检索。
• 在新的命令-remove通过其ID删除斑点。
• 在新参数-auth指定认证字符串使用。
• 在新的命令-reconf和-reinit供的NetCache系统管理员使用。
• 在netschedule_control
• 已启用兼容模式，使netschedule_control工作与旧工作节点。
• 在cgi2rcgi.cgi
• 请不要创建一个空的NetCache BLOB作为一个占位符的进展消息。
• 在被报告给用户登录网的错误。
• 在允许作业ID参数空间。
• 在支持JSON格式的作业状态信息输出。
• 在允许自定义HTML模板被定义为GRID错误和其他事件。
• 在添加无缓存HTTP标头，以避免中间结果的缓存。
• 在ncfetch.cgi
• 在新的参数来访问受密码保护的斑点。
• 在解释额外的参数＆QUOT;文件名＆QUOT;作为用于下载的文件的文件名。

什么是新的版本2008年12月31日：

• 在这个版本增加了一个方法来计算列具体pseudocounts在PSI-BLAST。
• 在这refactors网格服务库。
• 在它增加了单元测试框架和错误日志记录所有文件API类。
• 在它修复的IRIX线程支持。它增强了支持XML序列化。
• 在它修复为Sybase支持。
• 在它增加了支持小型查询较小的查找表。
• 在它增加了一个API来检索GenBank中加载数据。
• 在它什锦其他增强功能，加速比，和错误修正。