BioJava

它提供了分析和统计程序，解析器常见的文件格式，并允许序列和3D结构的操作。

的BioJava是探索Java的可能性在生物信息学世界的工具。

是什么在此版本中是新的：

• 一致的错误日志。 SLF4J用于记录和提供的适配器为所有主要的日志记录实现。

异常
• 改进处理。
• 删除过时的方法。
• 在扩大了的BioJava教程。
• 更新依赖适用。
• 在可用的Maven的中央。

什么版本4.0.0的新：

• 在一致的错误日志。 SLF4J用于记录和提供的适配器为所有主要的日志记录实现。

异常
• 改进处理。
• 删除过时的方法。
• 在扩大了的BioJava教程。
• 更新依赖适用。
• 在可用的Maven的中央。

什么是3.1.0版本，新的：

• 新功能：
• CE-CP 1.4版，与其他参数
• 更新至2.04的范围
• 的改进FASTQ解析
• 修正错误的PDB解析
• 在结构校正小幅修正

什么在3.0.8版本新：

• 新：
• 基因库作家
• 分析器核型文件从UCSC
• 解析器基因的位置，从UCSC
• 解析器基因名称从genenames.org文件
• 在模块的生存分析Cox回归代码
• 在接触的表面面积的计算（ASA）
• 模块解析.OBO文件（本体）
• 改进：
• 的国营石油和伯克利SCOP分类表示

什么在3.0.7版本新：

• 在增加了一个基本的基因库解析器
。
• 有N个密码子翻译时，修正了一个问题。
• 现在，可以在蛋白质结构推断的债券。
• 新增支持解析MMCIF记录有机体和表达系统。
• 在很多小bug修复和改进。

什么在3.0.6版本新：

• 在发展转移到GitHub上于：https：// github.com/biojava/biojava

什么在3.0.5版本新：

• 在新解析器CATH分类
• 新解析器斯德哥尔摩的文件格式。
• 的蛋白质结构生物学总成明显提高代表性。现在，可以从非对称单元重新打造生物组装。
• 在一些bug修复。

什么是3.0.4版本，新的：

• 在这主要是一个bug修复版本解决问题蛋白质结构和无序的模块。
• 在一个新的特点：SCOP数据现在可以从原来的SCOP网站在英国或伯克利版本进行任何访问

什么在3.0.3版本新：

• 在显着改善到Web服务模块（NCBI BLAST和HMMER Web服务）。
• [新增＆QUOT; FASTQ解析器（从1的BioJava系列移植到了第3版）。
• 支持进行筛选，PDB到的UniProt映射。
• Protmod模块重命名为modfinder。

什么在3.0.2版本新：

• 在蛋白质的结构：蛋白质结构域的改进处理：现在支持SCOP。新功能的蛋白质结构域的自动预测，基于蛋白质域分析器。
• 小的改进和bug修复其他几个模块。
• biojava3-AA-道具：这个新的模块允许物理化学和蛋白质序列的其他属性计算
。
• biojava3蛋白症：为无序区的蛋白质预测一个新的模块。它基于Java实现RONN预测的。

什么是3.0.1版新：

• 在3.0.1版本主要是bug修复为释放近期公布的3.0其中规定了的BioJava代码库的重大改写。

要求：

• 在的Java 1.6或更高版本