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POY是支持多个类型的数据（例如形态学，核苷酸，基因和基因区域，染色体，和全基因组）的系统发育分析程序。 POY是特定的，因为它可以执行真正的对准和系统发育推理即输入序列需要不被预先对准。插入，缺失，和重新布置，然后可以包括在整个树评分下最大简约，或根据最大似然模型。各种启发式算法已经为此制定和POY实现。
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