免费 生物信息学 为 Linux

STEPS是包在任意复杂的三维几何精确的随机模拟反应扩散系统。我们的堆芯模拟算法的Gillespie的SSA的实施方案，延长处理过的分子三维四面体网状物的元素的扩散。虽然它主要开发用于模拟在树突和周围神经突触的信号通路的详细模型，它是一个普通的工具，可以用于研究任何生化途径中的空间梯度和形态被认为发挥作用。我们已实现的步骤作为一组Python模块，这意味着步骤的用户可以使用Python脚本来控制建立模型，生成网格，控制模拟和产生和分析输出的所有方面。核心计算例程仍实现为用于执行的最大速度的C / C...

貘是一个Python的工具，它包含程序估算并绘制系统发育信息量用于大型数据集。引用貘当使用貘，请引用： - 公元前费尔克洛思，长安Ĵ，阿尔法罗ME：貘使系统发生信息量的高通量分析。 - 汤森JP：仿形系统发育信息量。系统生物学。 2007年，56：222-231。 - 池塘SLK，弗罗斯特SDW，缪斯SV：的HyPHY：假设使用系统发育测试。生物信息学2005，21：676-679。安装目前，安装程序最简单的方法是：混帐混帐克隆：//github.com/faircloth-lab/tapir.git...

picme是包含项目估算并绘制系统发育信息量用于大型数据集Python包。安装目前，安装程序最简单的方法是：混帐混帐克隆：//github.com/faircloth-lab/picme.git /路径/到/ picme运行测试：CD /路径/到/ picme /蟒蛇测试/...

tigreBrowser是从蒂格雷 - [R包结果的基因表达模式浏览器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。安装：tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。...

checkmyclones是一种软件，它提供工具来检查桑格测序结果＆NBSP;（或任何纯文本或FASTQ文件）对一组参考序列，在任何合理的格式（包括坐标）提供 要求： ...

Syntainia是一个创新的应用为多个基因组的可视化及NBSP;它提供了一个简单而直观的用户界面来查看和操纵基因组之间的关系。更清晰的基因的可视化，它是更容易为研究者以识别多个基因组中同线性保护。  Syntainia是一个桌面应用程序，它看起来不错，在Windows，Linux和Mac OS X上运行流畅，而且也适用于任何其他操作系统与Java 6。 什么是新的的此版本： ...

CWC模拟器是一个C ++实现化学武器公约，一个微积分的代表性和模拟生物系统＆NBSP的;安装成功后（请参阅安装），你就可以运行模拟了CWC机型，如在一些实例（见例子/）。（命令行）界面作为一个普通的用户，你应该运行：-i model.cwc-o -t -s -n -c --qt阈值-q -w 其中： - 是可执行文件的名称（默认：SCWC）;＆NBSP; - model.cwc是输入CWC程序（见例子）;＆NBSP; - 统计数据是输出文件的前缀;＆NBSP; - ...

AREM是一款基于MACS（基于模型分析的ChIP-SEQ数据）。高通量测序耦合到染色质免疫沉淀（芯片起）被广泛用于表征基因组范围的转录因子，辅因子，染色质改性剂，和其它DNA结合蛋白结合模式。在芯片起数据分析的一个关键步骤是由映射高通量测序短读取到参考基因组，并确定富含短读取峰值区域。虽然有几种方法已经被提出用于芯片起分析，大部分现有ACTUAL方法仅考虑读取，可以唯一地放置在参照基因组，并因此具有低的功率，用于检测峰值LO-重复序列内cated。在这里，我们介绍一种概率进近的芯片起的数据分析，利用所有的...

AHREA是sofware套件，使得寻找相对表达学习者容易。它是用Python编写的 要求： ...

E-Cell系统是在计算机上虚拟构造单元的概念。E-Cell系统是一个面向对象的软件套件进行建模，仿真和大型复杂的系统，如生物细胞，经高桥耕一架构，并通过编写一个美妙的开发团队分析。系统，E-Cell模拟环境版本3，核心部分允许具有不同时间尺度的共存受到多个算法许多组件。电子电池项目是一个国际研究项目旨在开发必要的理论支持，技术和软件平台，允许精确的全细胞模拟。E-Cell系统由以下三个主要部分组成： - E-Cell模拟环境（或E-Cell SE） - E-Cell模拟环境（或E-CELL ME）...