必须有 生物信息学 为 Linux

ProteinShop是用于操纵蛋白质结构的交互式工具。它被设计用来快速创建使用人类的知识和直觉一组蛋白质配置。这些配置可以进行局部或全局优化。虽然ProteinShop不进行全局优化过程本身，它提供了一个框架可用于与一个全局优化过程互动这可能是一个远程计算机上运行。ProteinShop提出了三种级别的功能Ⅰ级：显示一个三维的蛋白质结构...

pyNetConv是为了帮助一些网络文件格式转换一个Python库。自从0.6版本，pyNetConv能够读/写（和转换/于）以下文件格式：...

Pysam是阅读和操作Samfiles＆NBSP一个Python模块;它是samtools C-API的轻量级封装。快速入门指南是在这里。更详细的文档可以在这里找到。问题和意见都非常欢迎，并应发送给该用户pysam组http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat是新的本新闻稿中： 在samtools 0.1.8和TABIX支持 要求： ...

PySCeS是由三重-J组的分子细胞生理学＆NBSP开发的项目;以尽量模型和理解复杂的流程和系统，从而弥补了活细胞 特点： 在一个基于文本的模型描述语言在结构分析模块。在集成的实时仿真在非线性求解器稳态分析进行代谢控制分析模块对于表现出多稳态系统的一个分支模块在各种额外的参数扫描，数据输出和打印utilites。在动态模块加载框架。在SBML导入和导出功能。 要求： ...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比对和序列之间的最大似然进化距离准确地检测基因组之间的同源基因成对直向算法。安装从压缩包下载并解压最新版本github上：CD〜卷曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...

RFLP策划者是一个工具，帮助规划一个RFLP实验：它发现的限制酶，切断了一套以不同的方式同源的DNA序列，并模拟所产生的凝胶 -...

印章是一个Python模块，提供Hadoop的序列比对。密封的MapReduce的应用生物序列比对。它运行在Hadoop（http://hadoop.apache.org）通过Pydoop（http://pydoop.sourceforge.net），一个用于Hadoop的Python的MapReduce和HDFS API。 要求： ...

seriesoftubes是一个扩展的管道的Solexa芯片起的数据。包文件 要求...

构建类似​​于make系统经常用于创建复杂的工作流程，如在生物信息学和NBSP; snakemake旨在通过提供一个干净的和现代的特定领域的规范语言（DSL）在python风格使创建工作流程的复杂性，以及快速，舒适的运行环境。安装 - 在Ubuntu 12.04中，可以安装Debian软件包python3-snakemake可在我们启动板库。 - 在其他系统上，你需要的Python> = 3.2的安装工作。根据您的系统，您可以通过发出任何的easy_install...

SSuMMo是功能设计围绕反复使用HMMER以序列分配到类群＆NBSP库;结果在很大程度上注明树显示，社区内的物种/属分布。包含源代码程序，包括工具： - - 建立隐马尔可夫模型的层次数据库 - dictify.py; - 分配序列公认的分类名称 - SSUMMO.py; - 分析生物多样性，采用辛普森，香农与其他方法 - rankAbundance.py; - 可视化结果带有明显的能力，很容易交叉对比数据集进化树 - comparative_results.py -...