CLC Main Workbench

这个4周的CLC Combined Workbench的完整功能演示汇集了CLC Gene Workbench的所有DNA序列分析和CLC蛋白质工作台的所有蛋白质序列分析。所有分析完全集成在一个单一，用户友好和直观的软件应用程序中。

此版本中的新功能：

改进

• 修复了在macOS Sierra上运行BLAST的问题。
• 更新了Pfam报告的PFAM链接
• 修复了在CLC Main Workbench 7.7.2中引入的问题，其中按RdeGBI后按字母顺序列出的酶缺少甲基化信息
• 各种小错误修复
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工作流程

• 现在可以配置工作流输出，以便创建包含输出的子文件夹。
• 在定义工作流输出的名称时，新的占位符可用：{user}，{host}和输出对象{year}，{month}，{day}，{hour} {minute}，{second}。
• 现在可以使用书写名称指定以前只能作为数字使用的工作流程输出名称中的占位符：{name}是{1}的同义词，{input}是{2}的同义词。
• 
  

  在工作流输出元素中使用{2}占位符进行自定义命名时，只有未锁定的输入将包含在生成的名称中。

  
  
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  在显示工作流的所有已配置参数的生成的pdf中，连接到工具或输入元素的参数的条目现在列出定义元素的名称。以前，这些元素的参数列表为空白。

  
  
• 
  

  在工作流中更改工具名称时，导出工作流参数时，原始名称现在包含在更改的名称旁边。

• 
  

  使用工作流创建的数据元素的历史视图现在包括有关创建它们的工作流的信息。

  
  
• 工作流程“添加元素”菜单中的工具顺序现在与“工作台工具箱”菜单中的顺序匹配。
• 改进了工作流验证，以帮助用户识别由于工作流元素的配置而被忽略的输入。

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发射

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• 现在，在工具箱菜单下找到快速启动工具，而不是视图菜单，并且工具栏中添加了一个称为启动的按钮，用于启动此工具。

• 现在可以在本地搜索的结果表中列出的数据元素上启动分析，方法是选择感兴趣的元素，用鼠标右键单击并在显示的上下文菜单中导航。

  
  

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元数据
• 在右键上下文菜单的元数据元素视图中添加了用于从所选数据元素中删除元数据关联的“删除关联”选项。

• 在元数据查找关联数据视图中，现在还可以在选择多个行时使用“在导航区域中查找”。

  
  
• 从其中包含公式的电子表格导入元数据时，将导入公式（如Excel中显示的）的计算结果，而不是公式本身。

一般

• 所有NCBI服务器通信现在都已加密。 （2016年9月30日，NCBI将将所有网络服务移至HTTPS协议）。

  
  

• 预先安装在工作台中的酶清单已从REBASE更新。

  
  

• “不在列表中”选项已作为新的表过滤选项引入。

  
  

• 读取组详细信息现在显示在序列列表的元素信息视图中。

  
  

• GenBank导入现在还允许具有“GBFF”扩展名的文件名。

  
  

• “排序文件夹”工具现在使用以数字为前缀的文件名进行数值排序。

• 在定义输出器输出的名称时，新的占位符可用：＆nbsp; {user}，{host}以及输出对象{year}，{month}，{day}，{hour，＆nbsp; {minute}，＆nbsp; {second}。＆nbsp;
• 现在可以使用书写名称指定导出输出名称中的占位符：{input}是{1}的同义词，{extension}是{2}的同义词，{counter}是一个{3}的同义词。

<7.7>版本7.7.1中的新功能：
• 修复了批量执行包含多个输入的工作流时出现的问题，其中未应用在启动过程中指定的预定义，固定输入的更改。
• 修复了Motif搜索工具错误地报告所有匹配精度为0％或100％的问题。
• 修复了在保存文件夹时对文件夹进行排序时可能会触发错误的问题。
• 修复了批处理模式对话框中的错误，当遇到与底层文件或数据位置相关的问题时，将导致错误。

<7.7>版本7.7中的新功能：

导入元数据 - 基本和简单的元数据导入。此工具补充元数据表编辑器中可用的工具。

版本7.6.4中的新功能：

Bug修复
• 修复了当在NCB工具搜索序列时无法下载核苷酸序列并显示错误消息“以下序列未正确下载的错误。
• 修复了在创建蛋白质报告工具的NCBI步骤中BLAST的问题。
• 修复了在VCF导出期间导致错误的问题，其中涉及的数据最初是从VCF文件导入的，QUAL字段中的值为整数。
• 将浮点（十进制）数字导出为VCF格式之前依赖于指定的区域设置。已修正此问题，以使＆lt;小数分隔符现在总是一个点。
• 执行元数据的自动关联时，日志现在会显示哪些元数据行未与任何数据相关联。
• 修复了从工作台中访问元数据手动信息的错误。
• 修复了使用存储在CLC服务器上的元数据表执行自动关联失败的错误。
• 自动关联元数据现在基于数据名称的前缀处理关联，而不是完全匹配整个数据名称。
• 元数据表不再需要键列，因为其行可以手动与数据元素相关联。
• 已取消覆盖先前在Workflow输出配置中可见的元数据角色的选项。
• 修复了当工作台数据位置指向系统上的文件而非文件夹时发生的错误。它现在将在“工作台导航”区域中显示为不可用。
• 在配置和执行工作流时启用了所有参数的工具提示。
• 从工作台到CLC服务器的登录过程现在必须完成，才能打开clc网址。
• 在Mac上修复问题，其中的Workbench未被识别为clc：// urls的自定义协议处理程序。
• 解决了一个罕见的异常，可以通过双击切换编辑器视图来触发。

<7.6>版本7.6.3中的新功能：

新功能和改进

• 现在可以对所选元素进行批处理：以前只能对选定的文件夹进行批处理。
• 现在，当使用在NCBI工具搜索序列时，可以选择“EST”作为数据库。
• 现在，可以作为工作流程和服务器的一部分执行“样品的分层聚类”工具。
• 处理大型报表元素时改善了内存管理。
• 系统发育树叶上的工具提示现在显示所附序列的描述。
• 在使用“工作流程的打开副本”创建工作流程的副本时，不再将数字附加到工作流程元素的名称。
• 元数据管理。跟踪输入文件并导入样品的元信息。

修正错误

• 修复了安装第三方授权插件时工作台会显示错误讯息的罕见问题。
• 修复了如果对表进行过滤或排序，在Blast结果表中选择条目可能会突出显示Blast编辑器中错误的对齐方式的问题。
• 修复了在“设计基础”编辑器中单击注释可能会导致错误消息的问题。
• 修正了跨越圆形序列末端的注释不正确地放置在圆形序列视图中的问题。
• 修复了如果在圆形视图中显示某些序列并使用标签的径向呈现，导致工作台冻结的错误。
• 修复了导出的报告在某些情况下有错误的作者。
• 修复了创建框图和主成分分析有时可能使用非法参数运行，导致错误消息的问题。
• 反向互补序列工具的输出现在获取后缀-RC附加到输入名称，而不是之前的
。
• 修正了当长分子（> 1000个核苷酸）选择计算分区函数的选项时，“预测二级结构”工具中的错误。
• 修复了在非常大的工作流程上完全缩小后无法放大的问题。
• 修复了阻止Windows驱动器上的根文件夹用作文件位置的问题。
• 修复了在Windows上更新现有安装将导致删除.vmoptions文件，这使Workbench使用默认Java配置运行的问题。

<7.6>版本7.6.2中的新功能：
Bug修复
• 添加了一个有关Java问题的工作，该问题偶尔会导致工作台显示不知情的错误，并需要重新启动才能继续工作。
• 修复了在NCBI上运行BLAST的问题，其中NCBI生成的关于超出CPU使用限制的错误未被透明报告，并且未报告“无匹配”的结果。
• 已应用修复程序，以避免在从BLAST清除下载的文件时出现异常。
• 反向翻译工具忽略了密码子频率表中指定的任何遗传密码。因此，所有反向翻译将缺省为标准遗传密码。
• 安装包含捆绑数据的工作流时，无法再选择用于存储数据的只读文件夹。
• 在从文件夹编辑器或本地搜索编辑器导出元素时，修复了“支持的格式”的错误显示。
• 修正在编辑通过本地搜索编辑器找到的文件时可能出现的错误文件
• 报表中的绘图现在会显示已保存的侧面板设置。
• 修正通过侧面板保存不同线条颜色的图表。
• 已启用侧面板选项，可显示具有超过10个样本的绘图的图例。
• 修复了在为空数据集呈现图形时导致错误的问题。
• 修复了“清空回收站”选项有时无法正常使用的问题。

版本7.6.1中的新功能：


新功能和改进
• GTF导出器现在可用于主工作台。
• Transcriptomics实验和样品表现在可以排序，即使有大量的行。
• 改进了Excel，HTML和制表符分隔的变体导出（仅选择您需要的注释/列）。

Bug修复
• 修复了影响克隆编辑器中“剪切序列之前/之后的剪切”工具的错误。
• 修复了左键单击后快速右键单击被解释为双击OS X（在持久性搜索结果列表，工具箱树和工作流程编辑器中）。

版本7.6中的新功能：

新功能和改进
• 曲目：
  • 在使用额外的表列丰富变体曲目和注释曲目时，输出一致。这些工具的输出轨道现在具有相同数量的添加的表列，并且列将始终以相同的顺序。以前，如果添加的列具有所有变量行的空值，则它将从最终表中删除，导致在使用相同工具/工作流处理多个样本时，附加列的数量和相对顺序不同。现在保留所有列，便于下游处理导出的表，并即时可视地引用已应用的富集/注释工具，即使它们没有为特定样品产生任何结果。
  • 不同的曲目和注释曲目的表格现在可以使用包含多个数字的单元格对列进行排序和过滤。
  • 改进了变体曲目的曲目查看器，以在已渲染的变体上显示序列更改。
  • 图表曲目现在显示向上填充到y = 0的负值（如预期）。
  • 将表格导出为CSV，制表符分隔文本和Excel时，数字的小数位数增加。
  • 改进了与低磁盘空间相关的错误报告。
  
  

<7.5>版本7.5.1中的

新功能：

• 现在可以运行没有可选输入的工作流程。
• AAC工具没有使用HGVS c.xxx格式用其DNA水平变化注释3'UTR中的变体。这会影响使用Gx 7.5或更早版本根据旧版本的ENSEMBL CDS轨道进行的任何分析。应使用Gx 7.5.1重新进行AAC分析，以获得正确的注释。
• 修复了Pfam过滤错误。以前，Pfam只报告了查询中每种类型的第一个域，因此错过了许多域。我们建议研究依赖于Pfam注释的用户对其数据重新运行此工具。
• 修复了在为某些输入对齐生成引导值时失败的“最大似然系统发育”工具中的错误。
• 修复了在工具向导中选择对象作为参数时滚动到相关文件的问题。
• Blast文字结果已改进，因此无论是否为strand，都会显示正确的查询和主题位置。
• 修复了当选择在CLC服务器上运行BLAST操作时阻止BLAST操作的问题。
• 现在可以运行没有可选输入的工作流程。
11 Nov 16 在 教育和科学软件, 学软件