BioRuby提供了生物信息学的集成环境(生物信息学)。
面向对象的脚本语言Ruby有许多功能,适用于生物信息学研究,例如,清楚的语法来表达复杂的对象,对于文本处理正则表达式一样强大的Perl的大局;,各种各样的图书馆,包括Web服务等。
由于Ruby的语法很简单,很干净,我们认为这是简单易学,适合初学者,易于使用的生物学家,也是足够强大的软件开发人员。
在BioRuby,开发人员可以检索平面文件,互联网Web服务器和本地关系型数据库的生物资料库的条目。
这些数据库条目可以被解析以提取所需的信息。生物序列可以用红宝石和rsquo的的实现的方法治疗;弦乐类,并使用正则表达式。
库可以与像BLAST,FASTA,HMMER和生物分析其他许多软件包工具集成。
BioRuby支持主流的生物数据库格式,并提供了多种方法,通过平面文件索引,SQL,Web服务等多种网络服务,包括KEGG API可以通过BioRuby很容易地利用访问它们。
功能:
- 在BioRuby壳
- API
- 文档
要求:
- 在红宝石1.8.7或更高版本
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