Basic Local Alignment Search Tool

基本局部比对搜索工具是在短的BLAST是一组旨在探讨不管查询是否是蛋白质或DNA的所有可用的序列数据库相似性搜索的程序。
它使用了启发式算法旨在局部而不是全局比对，并且因此能够检测它们共享相似性仅隔离区的序列之间的关系。
它可以在本地运行作为一个完整的可执行程序，并且可以被用来针对私人，本地数据库运行BLAST搜索，或下载的NCBI数据库的副本。它运行在Mac OS，Win32中，Linux和Solaris，IBM AIX，SGI，康柏OSF和HP-UX系统

什么是此版本中的新：

• 改进：
• 在增强的文档，包括http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762简化的安装说明，可用
• 在增加了对硬屏蔽的BLAST数据库的支持。
• 在提高makeblastdb的FASTA输入，大量序列的性能，提高错误检查。
• 在允许BEST HIT选项和XML格式的Blast2Sequences模式
• 在允许PSIBLAST多个查询序列。
• 在规范允许任何多序列比对的序列作为主用-in_msa PSIBLAST说法。
• 在添加一个可选的-input_type参数makeblastdb。
• 在增加了对查询和受长度表格输出的支持。
• 在-seqidlist参数性能提升。
• 描述和比对的数目的最小现在用于表格和XML输出​​（与旧blastall应用程序的行为一致）。
• 在错误修正：
• 在Makeblastdb和blastdbcmd问题分析，存储和检索序列标识符。
• 在缺少主题标识符表格输出。
• 在Blast_formatter忽略-num_alignments和-num_descriptions
• 在高炉存档格式可以与多个查询保存不正确。
• 在Blast_formatter建立了不必要的网络连接。
• 在Blast_formatter没有保存正确屏蔽信息。
• 在Rpstblastn可能会崩溃，如果搜索许多序列。
• 在索引MEGABLAST不会在多线程模式下运行。
• 在保存PSIBLAST的PSSM查询标题没有被保存。
• 在可能的故障在多线程模式与多个查询或大型数据库序列中运行。
• 在TBLASTN运行与数据库屏蔽可能会错过比赛。
• 在defline截断输出顺序与输入多余的空格
• 在与MacOSX的10.5 MacOSX的二进制文件问题

什么在2.2.24版本是新的：

• 在推出BLAST存档格式允许待机动的格式化单独BLAST与blast_formatter搜索。
• 在它增加了BLAST数据库，翻译学科的软屏蔽的支持。
• 在它增加了对回溯BLAST操作（BTOP）输出格式的支持。
• 在它增加了命令行选项来blastdbcmd上市提供BLAST的数据库。
• 在远程BLAST搜索格式的改进的性能。使用一致的退出代码的内存不足情况。
• 在索引MEGABLAST多个空格分隔的BLAST数据库中的错误修复。

什么是2.2.19版本的新：

• 在该BLASTDB环境变量现在支持多个数据库搜索路径。当可能时，较小的蛋白质的查找表被用来提高性能。
• 在formatrpsdb现在支持创建大于2G的数据库。
• 在seedtop现在支持搜索与GI名单。
• 在为BLASTN的X3值/ MEGABLAST已得到纠正。