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KaKs计算器是一个软件包，通过计算模型选择和模型平均非同义和同义替代率。由于用于该估计现有的方法采用了考虑不同的进化特征，从而导致不同的估计其特定突变模型，KaKs计算器实现在最大似然框架的一组候选模型和采用赤池信息准则来测量模型和数据之间的健身，瞄准根据需要准确地捕捉蛋白质编码序列的进化信息，包括尽可能多的功能。另外，用于计算Ka和Ks的几个现有的方法也包含在本软件。
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