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在恶性实现的多序列比对程序接近平行那些用来搜索最小长度cladograms。逻辑和程序命令会清楚那些熟悉诸如Hennig86，NONA和PAUP程序。对准拓扑是通过不同的序列构建，并通过分支交换改进。每个对准拓扑产生多重比对和cladograms从该路线的构建。最简约的进化树的费用，然后分配为多重比对的成本。
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