Marvin

在马文的项目提供了Java工具的集合绘制，显示和描述的化学结构，下部结构和反应。
马文可方便地安装在桌面上，并无缝集成到通过其应用程序编程接口（API）的网页和第三方应用程序。
马文系列包括以下工具：
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

applet或bean？
马文是根据使用两种封装可供选择：
*马文的小程序的Web开发人员
*马文豆化学家的桌面和软件开发。
马文小程序是建立化学网页的工具，这与大多数浏览器（IE浏览器，火狐，Safari，Opera等），他们提供从/ JavaScript的访问，并通过定制applet参数兼容。
马文豆类和整合能力，马文到任何Java应用程序轻松地安装应用程序的桌面工具

什么在此版本中是新的：

• 在MarvinSketch：

在chemicalize.org
• 在公共数据库搜索。
• 在可能改变配体顺序MarvinSketch。
• 雾效果可以以各种方式进行控制：
• 有一个在素描/查看GUI首选项对话框设置的雾效果的强度和复选框以关闭自动雾效果的显示选项卡上的滑块。
• 在Applet和豆类参数介绍：fogFactor，automaticFogEnabled。 （论坛主题）。
• 在附加到一组连接点不会自动再取消组合Sgroup。
• 在S-基含量的测定：多和通用的S-组必须包含债券渡括号中的整个子图
• 在S-组的内容更新，如果支架位置发生变化：无论是支架或结构移动
。
• 在S-组嵌入和重叠是在分子一致性检查检查。
• 在SMARTS的进口支持脂肪与碳双键（论坛主题）。
• 在SMILES导入/导出支持联烯。
• 在生成的传统名内一个较大的复合片段（如＆QUOT;氢溴酸右美沙芬＆QUOT;）。
• 在支持CAS号码转换。
• 在DocumentExtractor（缺少逗号，括号误识别的类型，多余的空格，...）提高OCR纠错。
• 在文件提取的PDF文档现在给命中的页码。
• 在改进的结构到名称和名称到结构的通用名称支持。对于名称的进口普遍支持增加5％左右，共同和系统的名称10％。转换速度提高了20％左右。
• 在JChem和Marvin豆类安装的Windows还提取shell脚本的cygwin的。
• 在保存在比米斯-Murcko框架exocycyclic组。
• 在卤素灯可以枚举过程中多个连接。
• 在芳香债券计算双键的同源性检查数量时考虑。
• 在套索选择模式可设置为默认的MSketchPane（论坛主题）。
• 在一个新的功能，isChiral已添加到TopologyAnalyzer。
• 在新耐酸碱条款功能：isQuery（），fieldAsString（）
。
• 在错误修正：
• 在名称框中并非组创建之后进行更新，因为创建一个组并没有增加图形不变的变化计数（论坛主题）。
• 在MarvinSketch应用程序不了解＆QUOT; - {名}＆QUOT;命令行参数。
• 当结构＆gt;查找构建在线菜单下的Linux调用，无法被检测到的默认浏览器中显示的结果（论坛主题）。
• 如果其未压缩的版本被存储在高速缓存来自Java缓存isotopes.data文件的装载失败（即如果解压缩是由网络服务器自动地完成的，而不是通过马文）。论坛主题，文档。
• 在图形对象并没有显示在几何插件结果窗口。
• 在电子流向箭头，蓝色框突出被错过了（论坛主题）。
• 如果定义被删除的支架配体为了不显示，即使＆QUOT;总是QUOT;显示选项设置为＆QUOT;配体订单＆QUOT;在首选项对话框。
• 在多中心原子的出口指数为MDL分子格式，如果它被连接到一个R-组之后，走向腐败。
• 在箭坚持矩形期间MRV进口/出口（论坛主题）被损坏。
• 在1个字母肽导入失败在一个单一的组氨酸（论坛主题）。
• 在隐氢被从SKC进口失踪。
• 在MolAtom的空属性值没有导出/在MRV格式的导入。
• 在通过导入某些SMARTS，错键型确定的，而不是单一的或芳香的债券。
• 在从绘制的ChemDraw CDX文件导入某些括号中显示了错误的方向。
• 在SMARTS出口：芳香环的1原子单键邻居导出为单键，而不是单/芳
• 在与导出链接节点，R-组查询的SMARTS的格式不正确。
• 的氢原子的处理是模棱两可的SMARTS表达式。
• 在分子文件注释字段导入失败。
• 在某些SMILES的导入是错误的（论坛主题）。
• 如果该模板包含一个链部可以位于目标作为环（或环系统）的一部分，我们应该忽略的模板的一部分。
• 在精细与Hydrogenize选项Clean3D并没有自动取消组合S-组（论坛主题）。
• 在Molecule.contractSgroups（）搞砸分子坐标（论坛主题）。
• 在明确氢还没有适当考虑顺/立体化学计算。
• 在互变异构体生成器抛出ArrayIndexOutOfBoundsException异常在某些情况下。
• 在枚举的同源性产生不一致分子对一些VMN输入。
• 在不正确的充电应用CovalentCounterion定影液后计数。
• 在StructureChecker命令行的日志输出格式从向导的输出格式不同。
• 在ChiralFlagErrorChecker没有正确处理手。而不是从奇偶校验数据计算手性，它采用一种实现基于TopologyAnalyser的isChiral方法。

什么是新的在电子流箭版本5.4.0.1:

• Highlighting是错误的基地时，或终点是债券（论坛主题）。
• 在序列化菜单配置没有工作。
• 在多中心原子的索引被错误地在MDL MOLFile出口情况下R-组连接到多中心原子（位置变化债券）结构的创建。
• 在隐氢从结构ISIS /素描的Symyx文件格式（SKC文件格式）的导入或粘贴后的原子
失踪。
• 在CDX文件，包括从旧版本的的ChemDraw出口旋转图形对象无法导入。
• 在互变异构体计算
• 通用​​互变异构体不是在某些情况下，足够独特。由于修复，一般互变异构体提供芳香形式。
• 在Canoncical互变异构体的计算已因脱芳烃的修复改善。

与楔形键连接明确氢
• 在某些结构中通用的互变异构了一个例外。
• 在成交量计算是缺少cxcalc。
• 在结构检查抛出而不是忽略不正确的配置文件NullPointerException异常。

什么是新的版本5.1.03.2:

• IUPAC名称导入：转换IUPAC名称的结构。
• 在OLE 2支持：粘贴MarvinSketch对象到MS Office文档的改进支持
• 在化工条款：可从马文在命令行，API，可以在Java的脚本中使用（在小程序）
• 在加速MarvinSketch和MarvinView初始化启动时，无论是作为独立版本，并在其他应用程序中实现组件。

要求：

• 在Java 2标准版运行环境