mpiBLAST是一个基于MPI并行实现NCBI BLAST的。该项目包括的一对替代FORMATDB和blastall与执行BLAST作业并行安装了MPI的计算机集群上的版本方案。有两个主要的优势,使用mpiBLAST与传统的BLAST。
首先,mpiBLAST分割在每个节点的数据库集群中。因为数据库的每个节点的段是较小它通常可以驻留在缓冲区缓存,得到显著加速由于消除的磁盘I / O。其次,它允许BLAST用户采取有效的,低成本的Beowulf集群的优点,因为处理器间通信的要求是低的。
mpiBLAST实现在情况下数据库是太大,无法放入RAM超线性加速,并在附近的其他情况下的线性加速。它不需要专用群集。
要求:
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