SSuMMo

SSuMMo是功能设计围绕反复使用HMMER以序列分配到类群＆NBSP库;结果在很大程度上注明树显示，社区内的物种/属分布。
包含源代码程序，包括工具： -
- 建立隐马尔可夫模型的层次数据库 - dictify.py;
- 分配序列公认的分类名称 - SSUMMO.py;
- 分析生物多样性，采用辛普森，香农与其他方法 - rankAbundance.py;
- 可视化结果带有明显的能力，很容易交叉对比数据集进化树 - comparative_results.py
- 转换结果phyloxml格式：dict_to_phyloxml.py;
- 构建HTML表示 - dict_to_html.py。
- 情节稀疏曲线，并计算相应的生物多样性指数
Python源代码这里提供，在谷歌代码。 HMM模型的预构建分层数据库，以及优化的SQL数据库的分类法（用于推导各分类群的行列），可以从以下地址下载： - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
对于安装的信息，请参考README。对于使用信息，还有一个wiki（上图），以及初步的用户手册已被添加到SVN主干

要求：

• 在Python中