ZOOM Lite

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ZOOM Lite
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版本: 1.5
上传日期: 28 May 15
许可: 免费
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ZOOM精简版是新一代测序数据映射和可视化软件。用户输入的参考基因组和Illumina公司/短的Solexa读取文件或AB纯色空间读取文件的各种格式,如* .fasta,* .fastq,* _seq.txt,* .csfasta等ZOOM输出这些短的测绘成果读取关于参考序列。 ZOOM精简版具有基于全新设计的多个间隔的种子理论了快速准确的映射内核。这两个单端和配对末端不同长度的读取15bp至240bp可以处理。允许任何数量的错配,一个插入/删除所读取和参考序列的靶区域之间不同长度的。唯一映射的结果或最佳(前N个)的结果为每个读出将根据最小错配和插入缺失长度被报告。质量得分是用来加强测绘精度。基于映射的内核,变焦精简版允许用户装载本地读出的数据和参考序列数据中,选择合适的参数,处理大容量数据并行多达4个CPU中,监控正在运行的任务,存储的映射结果,查看的图表测绘成果和输出映射的结果要么* .BED或* .GFF文件格式的浏览器UCSC轨道信息进一步调查。映射的结果可以以任何期望的比例被查看,从所读取的深度图在整个染色体详述序列比之间的读取和参照序列。用户只需轻松点击,通过拖动或滚动导航到感兴趣的区域。 ZOOM精简版是ZOOM Studio软件的衍生

什么是此版本的新

1.5版本包括SAM导出格式,结构调整,更好的代码优化,小程序二进制文件的大小,并升级dabase更换发动机获得更好的性能。

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