新 教育和科学软件 为 Linux

ReliaFree是一个基于Python和PyGTK的一套实用程序，以帮助在可靠性，可用性，可维护性和安全性（RAMS）分析。ReliaFree旨在成为一个开源替代专有RAMS分析解决方案 要求： ...

泥炭是一套用于捕获，预测和分析蛋白质的生物物理特性的方案。见http://enzyme.ucd.ie/PEAT的文档，说明，截图等 要求： ...

罂粟是实现一个面向对象的系统建模物理光学与衍射传播，特别是对于伸缩和日冕成像的多波长模拟一个Python模块。眼下唯一的远场衍射图像和瞳孔平面之间（弗劳恩霍夫政权）的支持;菲涅尔传播和中间平面是一个未来的目标。在STScI的，2010-2012年开发的马歇尔佩兰，用于模拟詹姆斯·韦伯太空望远镜。文档可以在网上找到http://www.stsci.edu/jwst/software/webbpsf/Requirements:Python...

挖洞轮车定位仪（BWA）是对齐针对长期参考序列比较短的碱基序列，例如，人类基因组的高效程序。该软件实现了两个算法，BWA-短期和BWA-SW。前者作品查询序列比200bp的短，达到约100kbp后者为更长的序列。两种算法做跳空对齐。它们通常更精确和更快的具有低错误率的查询。请参阅BWA手册页了解更多信息。 BWA是否对齐454读取？＆NBSP;是的，没有。 BWA的BWA-SW部分运作良好，在454读取约200个基点以上。它实现了类似的对准精度来SSAHA2而快得多。...

SSuMMo是功能设计围绕反复使用HMMER以序列分配到类群＆NBSP库;结果在很大程度上注明树显示，社区内的物种/属分布。包含源代码程序，包括工具： - - 建立隐马尔可夫模型的层次数据库 - dictify.py; - 分配序列公认的分类名称 - SSUMMO.py; - 分析生物多样性，采用辛普森，香农与其他方法 - rankAbundance.py; - 可视化结果带有明显的能力，很容易交叉对比数据集进化树 - comparative_results.py -...

ANTZ是一个互动的实时三维数据可视化软件的复杂系统的认识。把它看成是“电子表格满足网络空间。”身临其境的多维空间为基础的环境，实时分析和决策。能够存储的数据与源活时间敏感的情况下结合。这是件好事寻找谚语“大海捞针”。视觉环境使得更有效的机制，以确定的模式和关系。数据字段映射到参数如几何形状，透明性，速度和位置。基于形状，颜色，大小和质地的空间提示使用户能够识别关键图案。最终的目标是关闭的用户和被称为计算机强大的逻辑引擎之间的认知循环...

Gmatch是用于使用Groth的方法相匹配的目录的工具。样品使用＆NBSP;从>>>进口gmatch gmatch＆NBSP; >>>＃负载从某处CAT1和CAT2＆NBSP; >>>＃他们numpy的数组＆NBSP; >>>＃N行，2列＆NBSP; >>> cat1.shape＆NBSP;（20，2）＆NBSP; >>> cat2.shape＆NBSP;（20，2）＆NBSP; >>>匹配= gmatch（CAT1，CAT2，EPS = 1E-3）＆NBSP;...

的距离是一个Python的工具，它提供了简单的距离算法欧几里德和Pearson相关 要求： ...

COBE（商业道德准则）是一个会话模拟器，MegaHAL的数据库支持的端口。它的灵感来自Hailo的成功：http://blogs.perl.org/users/aevar_arnfjor_bjarmason/2010/01/hailo-a-perl-rewrite-of-megahal.html我们的目标是相似的：磁盘上的数据存储较低的内存使用情况，对Unicode的更好的支持，和一般的稳定性。你可以阅读原MegaHAL这里：http://megahal.alioth.debian.org/How.htm...

虾虎鱼是用虾虎鱼下一代数据管理框架创建用于读取二进制数据文件的Python API。通常情况下，这个目录当属完整的虾虎鱼包的一部分，可从：＆NBSP; HTTP：//goby.campagnelab.org/完整的软件包包括Java源代码。如果从PyPI上或其他一些Python特定的源下载这个包，你可能已经收到的代码只有Python的一部分。开发警告该虾虎鱼Python库并不像成熟的Java实现。它可能是更不稳定的，并非意在提供一套完整的被发现在Java版本的功能。安装：＆NBSP;...