QuasiRecomb是运行在命令控制台,模拟马尔可夫模型生成病毒准种的轻量级应用程序。它描述了病毒准种和一种方法的产生,通过分析下一代测序数据来推断其参数。模型验证对模拟数据,示出的显式服用重组过程考虑在内的优点,并且通过对读取从实验HIV样本获得的涂敷试验。它提供了EM算法的实现找到模型参数,并估计病毒株在准种的分布方法的最大后验估计 要求:...

InDelFixer是java程序删除框移位造成插入或删除,从下一代测序数据。在某些情况下,已知的感兴趣的蛋白质具有帧偏移没有变体。这些帧偏移可以与一个给定的参照基因组(或多个对准在以后的版本)进行校正。该程序接受标准流程克格式的文件,FASTA / PacBio CCS文件,Illumina的配对末端数据FASTQ文件 要求: Java...