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codonPhyML使用进化马尔可夫模型密码在系统发育重建。给定一组特征在于它们的DNA序列作为输入的物种，codonPhyML将返回进化树最能说明它们的进化关系。它具有NNI和SPR树型拓扑搜索算法，以最大似然估计替代率参数，以及多核支持通过OpenMP的。
codonPhyML
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