MetagenomeDB

MetagenomeDB是一个Python库设计，易于存储，检索和宏基因组注释和序列NBSP;。MetagenomeDB可作为对MongoDB数据库之上的抽象层。它提供了一个API来创建和修改，并连接两种类型的对象，即序列和集合：
＆NBSP; *序列（序列类）可以读，重叠群，PCR克隆等。
＆NBSP; *集合（Collection类）代表的序列集;例如，读取从样品的测序所得，重叠群从一组读出的PCR文库组装
任何对象都可以使用类似于字典的语法注解：
＃首先，我们导入库
进口MetagenomeDB为MDB
＃然后，我们创建了两个新的Sequence对象
＃（强制）的属性，“名”和“序”
S = mdb.Sequence（{“名”：“我的序”，“序”：“ATGC”}）
＃对象现在可以注释
打印S [“长度”]
S [“型”] =“读”
＃一旦改性，对象需要被提交
＃对数据库的修改，以保持
s.commit（）
型序列或集合的对象可以彼此连接，以表示各种宏基因组数据集。实例包括，但不限于：
＆NBSP; *采集读取一个测序运行产生的（多个序列之间的关系对象，一个集合）
＆NBSP; *组从一组的组装造成重叠群的读取（两个Collection对象之间的关系）
＆NBSP; *读取是重叠群的一部分（多序列关系的对象和一个序列）
＆NBSP; *序列是类似于另一序列（二序列之间的关系的对象）
＆NBSP; *集合，是一个更大的集合的一部分（两个Collection对象之间的关系）
其结果是序列和集合中的网络，可以使用专用的方法来探讨; IEG，Collection.list_sequences（），Sequence.list_collections（），Sequence.list_related_sequences（）。这些方法的每一个允许使用MongoDB的查询语法复杂的过滤器：
＃列表类型“collection_of_reads”的所有集合
＃序列的“属
集合= s.list_collections（{“类型”：“collection_of_reads”}）
＃列表也属于这些集合所有序列
＃与至少50碱基对的长度
对于C于类别：
＆NBSP;打印c.list_sequences（{“长度”：{“$ GT”：50}}）
MetagenomeDB还提供了一组命令行工具来导入核苷酸序列，蛋白质序列，BLAST和FASTA比对算法输出，和ACE组件文件。还提供其他工具来添加或删除多个对象，或注释它们

要求：

• 在Python的