DendroPy

它提供了类和函数与系统发生数据，如树木和字符矩阵工作。
它还支持读取和写入数据的范围为标准系统发生的数据格式，如NEXUS，NeXML，PHYLIP，的Newick，FASTA等。
此外，用于执行一些有用的进化计算脚本分布为库，如SumTrees，其概括了用于通过系统发生树的后部样品给定分裂或分支的支持的一部分。
有扩展文档和教程文件在下载包

什么是此版本的新：

• 在新的元数据基础设施注释：AnnotationSet和注释
• 完全支持NeXML 0.9元数据分析和编写。
• get_from_url（）和read_from_url（）方法，现在允许从URL的阅读系统发育的数据。
• 新增信息设施的互联互通模块（QUOT; dendropy.interop.gbif＆QUOT;）
。

什么版本3.12.2为新的：

• 在元数据标注新的基础设施：AnnotationSet与诠释。
• 完全支持NeXML 0.9元数据分析和编写。
• get_from_url（）和read_from_url（）方法，现在允许从URL的阅读系统发育的数据。
• 新增信息设施的互联互通模块（QUOT; dendropy.interop.gbif＆QUOT;）
。

什么是3.11.0版本，新的：

• 从整个串联支路标签新应用程序脚本多输入树：sumlabels.py
• 在新的互操作类dendropy.interop.seqgen.SeqGen：包装序列根集成到库
• 在新的互操作功能dendropy.interop.muscle.muscle_align（）：包装肌对准
• 在新的互操作类dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner：包装RAxML
• prune_taxa（）方法添加到CharacterMatrix。
• 在数学模块转移到自己的子包：dendropy.mathlib
• 矩阵和向量计算新的模块：dendropy.mathlib.linearalg
• 进行统计距离计算新的模块：dendropy.mathlib.distance
• 在家庭中dendropy.mathlib.distance马氏距离计算功能：squared_mahalanobis，squared_mahalanobis_1d，马氏，mahalanobis_1d

什么是3.9.0版本，新的：

• 新功能：
• 在系统发育独立对比（PIC）的分析，现在可以使用dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts类进行。
• 简体含有成膜助剂模拟（在树种基因树）。
• 更改：
• 关键字参数as_string（），write_to_path（），write_to_file等方法已经被调整到成为Nexus和的Newick格式更一致。上一页关键字仍受支持，但会被废弃。一套新的支持关键字参数可以看出在：REF：Nexus和的Newick编写定制＆＃X3C; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick＆＃x3e;一节。
• Nexus和的Newick格式现在，默认为不区分大小写的类群标签;指定case_insensitive_taxon_labels =假的区分大小写。
• 修正项目：
• 阅读交错的性格矩阵不再结果在下面的块被跳过（NEXUS）。
• 在计算汇总统计时陷入OverflowError。

什么是3.8.0版本，新的：

• 在树对象现在可以在中点被rerooted（见Tree.reroot_at_midpoint（））。
• 注释（即属性是有＆QUOT树，节点或边缘对象;注释（）＆QUOT;呼吁它们）现在可以写为元数据的意见（QUOT; [＆字段=值] QUOT;）写作时NEXUS如果关键字参数annotations_as_comments用于/的Newick格式。
• 在NEXUS读取时/的Newick格式的树木，指定extract_comment_metadata = TRUE，将导致元数据的意见被纳入了字典，连键是字段名和值作为字段值。
• 当读取NEXUS格式的数据，设置块将被处理，字符集解析到相关CharacterDataMatrix。
• 在字符集（如，例如，分析出NEXUS套块：见上文），可以导出为新CharacterDataMatrix对象，并保存/操控/等。 independentally。
• 在NEXUS或的Newick格式写入时，该write_item_comments关键字参数（TRUE或FALSE）可以控制是否与节点上的树木相关的延伸评论将被写入或没有。
• TopologyCounter类添加到dendropy.treesum：允许拓扑频率跟踪
• treesplits.tree_from_splits（）允许（拓扑只）树的构建从一组分裂的。
• 曾经是“dendropy.treemanip”大多数功能现已被迁移为dendropy.Tree类的本地方法。 “dendropy.treemanip”将被弃用。
• 在树木现在可以依据的类群标签的列表上修剪要删除或保留（以前，该方法只接受分类群对象列表）。

什么是3.7.1版本，新的：

• 新功能：
• “常规抽样方法”的执行情况（哈特曼等人2010年。从进化模型采样树木; SYST生物学报49，465-476）。模拟从生灭模型树的方法
• 更改：
• 修正/一致的名称为一些概率函数。
• 修正项目：
• 在错误的确认输出文件的使用SumTrees'-e'/时覆盖“ - 分裂的边缘”。选项
• 古和头发斑白的半化石参照“taxa_block”更正为“taxon_set”。

什么在3.7.0版本新：

• 在迁移到BSD风格的许可证

什么是3.6.1版本，新的：

• 在SumTrees现在工作（串行模式）年长Python版本（即＆＃X3C; 2.6）。
• 修正为与Python 2.4.x的兼容性。

什么在3.5.0版本新：

• 在加ladderize（）方法，命令中的节点升（默认）或降序（ladderize（右= TRUE））命令。
• 新增＆QUOT;兽总结树＆QUOT;架构规范处理BEAST注明共识树木。
• 添加新的模块来处理NCBI数据库交互：dendropy.interop.ncbi

什么是新的在3.4版本：

• 在捆绑ez_setup.py更新到最新版本

要求：

• 在Python的2.4〜3.0