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MultiGeneBlast是基于一个格式化NCBI GenBank中蛋白质条目的FASTA头，使用它可以跟踪它们的源核苷酸和坐标的开源工具。 MultiGeneBlast可以以这样的多基因的部分用于合成生物学项目的检测辅助。操纵子的合成库可以根据它的输出，以确定那些操纵子，其功能是最接近的一个期望由用户创建的。此工具提供了机会，通过组合单个BLASTP的结果，以确定所有的同源基因组区域运行在每个基因上，并从任何GenBank登记项由命中件数，同线性养护，并累积稻瘟病比特得分排序的基因组区域。架构搜索可以被执行以发现任何基因组区域与高炉命中与氨基酸序列中的任何用户指定的组合。
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