goby

虾虎鱼是用虾虎鱼下一代数据管理框架创建用于读取二进制数据文件的Python API。
通常情况下，这个目录当属完整的虾虎鱼包的一部分，可从：
＆NBSP; HTTP：//goby.campagnelab.org/
完整的软件包包括Java源代码。如果从PyPI上或其他一些Python特定的源下载这个包，你可能已经收到的代码只有Python的一部分。
开发警告
该虾虎鱼Python库并不像成熟的Java实现。它可能是更不稳定的，并非意在提供一套完整的被发现在Java版本的功能。
安装：
＆NBSP; 1。请确保您有Python的2.5或更高版本。如有疑问，请运行：
蟒蛇-V
＆NBSP; 2。下载并安装必备的Python包：
＆NBSP; 1。协议缓冲器
＆NBSP;可从http://code.google.com/p/protobuf/或PyPI上
＆NBSP;
2. pyjavaproperties - Python的替代java.util.Properties
＆NBSP;可从http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
＆NBSP; 3。安装包虾虎鱼：
蟒蛇setup.py安装
＆NBSP;这个步骤可能需要超级用户权限。
用法：
提供示例脚本演示如何访问的虾虎鱼的文件在Python中的内容。
＆NBSP; *这里是如何扫描虾虎鱼线文件：
＆NBSP; GobyAlignmentStats.py基本名
（该文件basename.entries和basename.header必须退出。）
＆NBSP; *接下来的命令将打印校准文件为文本的内容：
GobyAlignmentToText.py基本名
＆NBSP; *接下来的命令将紧凑型转换读取文件FASTA格式：
GobyCompactToFasta.py file.compact，读
＆NBSP; *下一个命令，将打印出一个紧凑的内容读入的统计数据文件：
GobyReadsStats.py file.compact - 读

要求：

• 在Python中