snakemake

构建类似​​于make系统经常用于创建复杂的工作流程，如在生物信息学和NBSP; snakemake旨在通过提供一个干净的和现代的特定领域的规范语言（DSL）在python风格使创建工作流程的复杂性，以及快速，舒适的运行环境。
安装
- 在Ubuntu 12.04中，可以安装Debian软件包python3-snakemake可在我们启动板库。
- 在其他系统上，你需要的Python> = 3.2的安装工作。根据您的系统，您可以通过发出任何的easy_install snakemake或者在命令行easy_install3 snakemake然后安装snakemake。如果您没有管理员priviledges，看看的easy_install的说法--user。
- 最后，snakemake可以手动一封来自PyPI下载源代码压缩安装。
用法
Snakemake提供了一个简单的DSL来描述，在随后的几个步骤中创建文件的工作流程：
样本= [“01”，“02”]
＃选择定义目录所在的工作要完成。
WORKDIR：“路径/到/ WORKDIR”
＃类似之作，定义作为构建目标假规则。
排除一切：
＆NBSP;输入：“diffexpr.tsv”，...
治总结一下：
＆NBSP;输入：“{}样品.mapped.bam”.format（样品= S），用于在取样S
＆NBSP;输出：“diffexpr.tsv”
＆NBSP;兼营：
＆NBSP;＃...提供一些Python代码，产生从输入文件的输出
＆NBSP;＃例如。通过索引访问输入文件
＆NBSP;输入[1]
＆NBSP;＃访问通配符值
＆NBSP; wildcards.sample
＆NBSP;＃轻松运行自动使用默认的shell，同时具有直接访问shell命令
＆NBSP;＃通过格式minilanguage所有本地和全局变量
＆NBSP;线程= 6
＆NBSP;外壳（“somecommand --threads {主题} {输入[0]} {输出[0]}”）
治map_reads：
＆NBSP;＃指定名称的输入和输出文件
＆NBSP;输入：读取=“{}样品.fastq”，hg19 =“hg19.fasta”
＆NBSP;＃标记输出文件是写保护后创造
＆NBSP;输出：映射=保护（“{}样品.mapped.sai”）
＆NBSP;＃（可选）定义的显示，而不是在执行规则的通用规则说明信息：
＆NBSP;消息：“映射到读取{} input.hg19”
＆NBSP;主题：8
＆NBSP;外壳：
＆NBSP;＃直接提供外壳命令（在多或单行字符串）如果不需要Python语法。
＆NBSP;＃再次，全局和局部变量，可以通过格式minilanguage访问。
＆NBSP;＃此外，可以指定规则使用的线程数。该snakemake调度确保规则与运行的线程的指定数量如果有足够的核心是通过-j命令行选项可用。
＆NBSP;“，”“
＆NBSP; BWA的AlN -t {主题} {input.hg19} {} input.reads> {} output.mapped
＆NBSP;有的 - 其它--command
＆NBSP;“，”“
给予“Snakefile”这样的语法，工作流可以通过issueing执行（例如，使用多达6个并行处理）：
＆NBSP; snakemake -j6 -s Snakefile
欲了解更多详细信息，请参见教程

特点：

• 在写规则如何创建输出定义的文本方式的工作流程从输入文件的文件在一个简单的基于Python的语法。相反，GNU使（这主要是构建系统），snakemake允许规则以创建多个输出文件。
• Snakemake自动计算其需要的规则被执行以产生所需的输出。
• 在这两个外壳根据规则以及规则里面全Python语法的支持。 shell命令可以直接访问所有本地和全局变量的蟒蛇。
• 在像GNU做，snakemake可以尽可能安排平行的规则执行。此外，除规则并行可以与帧内规则并行进行组合（例如，线程）和snakemake确保用过的内核的数量不超过所述给定值。
• 在文件可以标记为临时的（不需要任何更多也就是说，它们可以被删除一次）或受保护的（也就是说，它们将被写在创建后的保护）。
• 在输入和输出文件可以包含多个命名通配符。
• 在输入和输出文件可以被命名为使解决这些规则里面变得得心应手。
• 系统的map-reduce一样的功能是通过使用便于阅读Python列表理解语法来完成的。
• 作为一个实验性的功能，可以snakemake集群上通过指定提交命令（如使用qsub为的Sun Grid Engine）上运行。

要求：

• 在Python中