新 生物信息学 为 Linux

印章是一个Python模块，提供Hadoop的序列比对。密封的MapReduce的应用生物序列比对。它运行在Hadoop（http://hadoop.apache.org）通过Pydoop（http://pydoop.sourceforge.net），一个用于Hadoop的Python的MapReduce和HDFS API。 要求： ...

avalanchetoolbox是一个工具箱，用于识别和描述分支过程，如神经元雪崩 要求： ...

Murka是一个免费，跨平台和开源的命令行软件，可帮助用户轻松解决系统发育问题，只需使用平均网络。它包括启发式方法，精确的算法，以及一个施泰纳问题解决者。Murka大局;输入提供可逆和取向stepmatrix，输出报价（分）最佳树和它们的几种组合。该软件已在Linux和Microsoft Windows操作系统进行了测试。本申请提供的最低费用树的完全覆盖。有几个类似的计划存在，如AWC...

HTSeq是一个Python框架来处理和分析来自高通量测序数据（HTS）测定 要求： <...

橙生物信息学是一个橙色的数据挖掘软件附加＆NBSP;它扩展橙在生物信息学的基本任务提供常用功能。它还提供了小部件橙色帆布，使用户谁是不是程序员来管理芯片和基因组数据流量和通过结合常见的数据分析工具，以满足他们的需求来定制他们的分析。文档被找到在：http://orange-bioinformatics.readthedocs.org/Requirements:Python...

edittag是一个应用集设计集编辑度量序列标签，检查序列标签对构象到编辑度量，和整合序列标签对特定平台的测序接头和PCR引物。 edittag不同于其他的方法：＆NBSP; * edittag生成编辑度量序列标签使用多合理的时间框架任意长度＆NBSP; * edittag产生编辑度量序列标签集符合所选择的编辑距离＆NBSP; *使用edittag：引物进行整合序列标签PCR引物我们提供了多种大型成套编辑指标序列标签以下格式使用edittag设计的：＆NBSP; *文本 -...

VULCAN项目提供计算流体动力学分析。VULCAN（粘性迎风算法的复杂流量分析）提供了亚音速计算流体动力学通过高超声速湍流反应和对各种串行和并行计算平台的非反应流。推进流分析的计算成本是通过使用特殊的紊流壁处理，多网格方法椭圆和空间推进计划减小，并且方程的调理，以减少数值刚度。物理建模能力通过纳入模型压缩，雷诺应力各向异性，湍流扩散，有限率化学，湍流/化学反应相互作用效果的提高。VULCAN可以模拟二维，三维，或轴对称多块的问题 什么在此版本中是新的： ...

seriesoftubes是一个扩展的管道的Solexa芯片起的数据。包文件 要求...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比对和序列之间的最大似然进化距离准确地检测基因组之间的同源基因成对直向算法。安装从压缩包下载并解压最新版本github上：CD〜卷曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...

构建类似​​于make系统经常用于创建复杂的工作流程，如在生物信息学和NBSP; snakemake旨在通过提供一个干净的和现代的特定领域的规范语言（DSL）在python风格使创建工作流程的复杂性，以及快速，舒适的运行环境。安装 - 在Ubuntu 12.04中，可以安装Debian软件包python3-snakemake可在我们启动板库。 - 在其他系统上，你需要的Python> = 3.2的安装工作。根据您的系统，您可以通过发出任何的easy_install...