Biopython

开发的开发人员组成的国际团队是一个分布式协作开发Python库以及解决当前和未来的工作生物信息学的需求的应用程序。

什么是新的的此版本：

• 在Bio.Phylo现在有树的建设和共识的模块，从编程之夏的工作由烟波烨
• 在Bio.Entrez会自动下载并缓存新NCBI DTD文件XML用户的主目录下的解析（使用〜/ .biopython在Unix类系统，和$ APPDATA / biopython在Windows上）。
• 在Bio.Sequencing.Applications现在包括一个包装的s​​amtools命令行工具。
• 在Bio.PopGen.SimCoal现在还支持fastsimcoal。
• 在SearchIO来hmmer3文本，hmmer3选项卡，并hmmer3-domtab现在支持输出hmmer3.1b1。
• 在BioSQL现在可以使用使用mysql-connector包（可用于Python 2，3和PyPy）作为替代MySQLdb的（Python的2只）连接到MySQL数据库。

什么是在1.63版本新：

• 现在，使用内置的Python 3风格下一个功能地方Python的2风格的迭代器'。接下来的（）方法。
• 在目前的版本中删除了2to3的库的要求。

什么是在1.62版本新：

• 在Biopython首次发布其正式支持Python 3

什么在1.60版本新：

• 在新模块Bio.bgzf支持读取和写入BGZF文件（受阻的GNU zip格式），GZIP的变体具有高效的随机存取，最常用作在BAM的文件格式，并在TABIX一部分。
• 在被GenBank / EMBL解析器现在请上无法识别的功能位置发出警告，并继续解析（离开功能的位置无）。
• 在该Bio.PDB.MMCIFParser现在是默认编译（但仍是没有根据的Jython，PyPy或Python 3可用）。

什么在1.59版本新：

• 在新模块Bio.TogoWS提供包装的TogoWS REST API。
• 在该NCBI Entrez的提取功能Bio.Entrez.efetch已更新处理NCBI的严格处理多个ID论据EFetch 2.0。

什么是在1.58版本新：

• 在为PAML一个新的接口和解析器（系统发育分析最大似然）封装的方案，支持codeml，baseml和yn00以及一个Python重新实现χ2的溶液中加入作为Bio.Phylo.PAML模块。
• 在Bio.SeqIO现在包括ABI文件阅读支持（＆QUOT;桑格＆QUOT;毛细管测序跟踪文件，与PHRED素质含有称为序列）
。
• 在该Bio.AlignIO＆QUOT; FASTA-M10＆QUOT;分析器进行了更新，以配合标记线在比尔Pearson的FASTA版本3.36中使用。

什么在1.57版本新：

• 在Biopython现在可以使用PIP安装

什么是在1.56版本新：

• 在该Bio.SeqIO模块已被更新，以支持蛋白质EMBL文件（用于专利数据库），IMGT文件（EMBL文件格式的一个变型中，与来自乌里Laserson帮助），和的UniProt XML文件。

什么是在1.55版本新：

• 在大量的工作一直对Python的支持3（经在这个脚本），但除非我们打破了东西，你应该不会注意到任何变化。
• 在新特性方面，最引人注目的亮点是，命令行工具应用程序的包装类，现在的可执行文件，它应该能够更容易调用外部工具。

要求：

• 在Python的2.6或更高版本