细胞电生理仿真环境(CESE)是专门设计用于执行计算模拟电,例如一个全面的框架,心肌细胞电活动的模拟。
细胞电仿真环境为动作电位,从个人离子电流,并改变离子浓度模拟中有用。
CESE是一个跨平台的程序,它运行在具有Java运行时环境(JRE)1.4或更高版本的系统。它是在Windows,Linux,Solaris和MacOS X系统和AIX进行测试。
CESE用户
CESE是用于进行计算模拟使用各种电模型的集成环境。
在此阶段CESE允许创建和执行单细胞模型(同时含有霍奇金 - 赫胥黎(11H)和马尔可夫电流制剂)的。心肌细胞与源代码的电活动的模型,包括在CESE分布。我们希望可以扩展模型的数量,并在将来添加某些神经元模型。
CESE的主要优势在于它的均匀�一个程序接口保持不变为不同类型的模型。您可以模型之间轻松切换,比较模拟输出。模型参数可以被修改,选择用于输出和/或夹在相同,标准方式。
CESE延伸的“电压钳”的常规电生理学意义。可以夹持几乎任何模型变量,包括电压(膜电位),全部或个别离子电流,离子浓度,温度,门控变量等的夹紧命令可以是复杂的分段的功能,对于所关注的模型变量单独设置。这将打开复杂的行为模式的探索无限的可能性。
CESE提供简单,而有效的数据可视化。仿真结果可以呈现在图形和表格的形式。地块可定制,和感兴趣的区域放大。
即使CESE不被设计为一个数据分析工具,可以产生电流 - 电压的关系(I-VS)和计算该程序在给定的信号的统计参数。您可以将数据导出到ASCII,轴突文本文件(ATF),并创建NetCDF格式继续分析,你最喜欢的包。
CESE开发商
CESE是从底层向上创建纳入提供给Java开发人员的最佳编程实践,无论是在用户界面的一致性和代码的清晰度和重用方面。只要有可能,CESE依靠现有的Java API(例如Java2D的,JavaBeans的,JAXP),以简化代码。
建立模型需要大量的内务管理功能进行编码�这些包括ODE集成商,例程处理模型参数,保存/恢复模型的状态,可视化仿真结果等CESE为您提供了实现这些例程,因此,你可以专注于写作的具体离子电流(S)的代码, CESE将处理其余部分。
CESE是不是想创建自己的&#65533复杂的编程框架;相反,它利用核心的Java API。例如,型号是Java组件符合JavaBeans规范。我们使用XML来指定夹紧命令,以及Java对象序列化到保存/恢复模型参数。
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