化学开发工具包(也称为CDK)是一个独立于平台,免费发布的,并在Java中实现的开源库软件,尤其是对于结构生物信息学,化学信息学和计算化学设计的。
该项目包括专门针对谁想要重用代码节省了大量的时间和精力程序员量身定做各种有用的算法和数据结构。化学开发工具包的目的不是要由最终用户使用。
在功能一览
主要功能包括读取和渲染的化学结构,支持QSAR支持写化学数据格式,支持(定量结构&ndash的;活动的关系)。描述,以及对配套的化学图论内置算法
为了您的方便,应用分布在JAR文件格式的预构建的二进制文件。要在项目中使用它,使用上面的链接,在这里你还可以找到程序&rsquo的只需下载从Softoware最新的稳定版本; S源码包
程序员将找到有关如何从源代码编译程序的详细信息,如何运行各种测试,以及如何在位于tar.gz的归档中的README.txt文件其他程序使用它。
引擎盖下和支持的操作系统
在CDK的引擎盖下纵观(化学开发套件)软件,我们可以何况,它已经在Java语言编写的。
目前,它与GNU / Linux上,微软Windows和Mac OS X操作系统的32位和64位的口味完全兼容。和Java开发工具包(JDK) 但是,应该由Java运行时环境(JRE)&NBSP支持的OS工作的技术
什么是新的在此版本中:
- 正式负责IAtomcontainer被转移到IMolecularFormula
- 修正错误2787332在gasteiger收费计算旧债券阵列设置为
- 更新修复的bug 2788357 SMARTSQueryTool现在抓住TokenMgrError在construc
- 增加了新的Taglet的处理cdk.githash标签和链接的Javadoc消息来源在Git中回购
- 更新cdk.svnrev标签cdk.githash标记
- Bug_2787332。增加了对三氯生的分子测试(InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- 删除过时的渲染代码:要么使用CDK-1.0.x的或jchempaint小学
- 新增的解析器测试套件测试错误2786624
- 添加链接页面PMD
- 添加了指向的JUnit统计
- 添加类列表模块中,链接到每晚@贝利
- 新增设立创建模块的HTML页面
- 新增设立创建模块的HTML页面
什么是新的在1.5.10版本:
- 正式负责IAtomcontainer被转移到IMolecularFormula
- 修正错误2787332在gasteiger收费计算旧债券阵列设置为
- 更新修复的bug 2788357 SMARTSQueryTool现在抓住TokenMgrError在construc
- 增加了新的Taglet的处理cdk.githash标签和链接的Javadoc消息来源在Git中回购
- 更新cdk.svnrev标签cdk.githash标记
- Bug_2787332。增加了对三氯生的分子测试(InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- 删除过时的渲染代码:要么使用CDK-1.0.x的或jchempaint小学
- 新增的解析器测试套件测试错误2786624
- 添加链接页面PMD
- 添加了指向的JUnit统计
- 添加类列表模块中,链接到每晚@贝利
- 新增设立创建模块的HTML页面
- 新增设立创建模块的HTML页面
在什么版本1.2.2是新的:
- 固定链接。次优,作为路径仍然是硬编码到一个每晚实例,但我们没有XML框架尚未在所有Nightlies版总结的东西(运行
- 更新版本号
- 补充测试,以确保IAtomContainers不通过IMoleculeSet.add(IAtomContainerSet)潜入在
- 改写addAtomContainer(IAtomContainer,双)也是如此,当非IMolecule传递给抛出IllegalArgumentException
- 现在,抛出当试图存储的IAtomContainer这是不是一个IMolecule一个IllegalArgumentException
- 为#2784182添加单元测试
- 利血平新的测试
- 增加了对线程安全taglets
- 随着一个原子或更少,我们将其定义为连接,因为没有需要的分区(修复#2784209,的NullPointerException上IAtomContainer无原子)
- 了BUG#添加单元测试2784209目前无法
- 更明确去除包org.openscience.cdk名称:抛出条款
- 更明确去除包装org.openscience.cdk名
- 更明确去除包org.openscience.cdk名称:新org.openscience.cdk.Foo()调用
- 删除明确org.openscience.cdk.interfaces包名称(修订#2783549)
- 删除明确包名称,有利于进口,为datadebug模块org.openscience.cdk(修订#2783549)
- 删除明确包名称,有利于进口,数据模块中org.openscience.cdk(修订#2783549)
- 在AllRingsFinder递归选项的突破
- 从字符串元素公式提取的费用。
- 从字符串元素公式提取的费用。
- 质量的控制器,当它是在该范围的
- 更新智能H公司添加到PLANAR3 N,修复错误2781199
- 添加测试用例错误2781199
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用catch块内作出CDKException构造现在包括根异常保存堆栈跟踪
- 调用内的catch块现在包括根异常保存栈跟踪中进行CDKException构造
- 调用内的catch块现在包括根异常保存栈跟踪中进行CDKException构造
- 调用内的catch块现在包括根异常保存栈跟踪中进行CDKException构造
- 调用内的catch块现在包括根异常保存栈跟踪中进行CDKException构造
- 调用内的catch块现在包括根异常保存栈跟踪中进行CDKException构造
- 增加了单元测试,以确保SD字段读取所有分子
- 分裂测试
- 新文件
- 为CML更多的测试阅读
- 新增的单元测试#1848591:不正确Murcko框架
- 固定演员,删除冗余的完整包名
- 为#2692107添加单元测试
- 修正了拼写错误:失踪的“
什么是新的在1.2.1版本:
- 修正错误2714283,它正确地抛出一个异常时,环未正确关闭。如果环不与适当的环数关,InvalidSmilesException被抛出。匹配日光行为
- 修正错误2729120,并添加单元测试
- 更新注释,以修正错误2768643。
- 为它的错误2719237.制造getBondOrderSum静态,添加单元测试部分修复
- 错字:proteinl - >蛋白
- 类制造公众,别让它添加到build / *。javafiles
- 部分固定SMARTS为R0匹配。更新的目标分子的初始化明确表示不会在环原子并且还更新RingMembership原子被指定R0时候做明确的检查。部分修复的bug 2587204
- 修正可疑相等测试。一个私有方法是通过参考检查双对象。正常工作时,他们空。当我们需要通过值来比较失败。代码被更新,以考虑到这一点。加入单元测试(和所取得的方法保护的,以便它可以被测试)
- 补充检验方法的注释。完成覆盖数据模块
- 重构ChiIndexUtils,使其包专用。清理公共API,因为它仅由志描述代码。更新了所有依赖的类。移动测试代码(这需要填写!),以及
- ChiIndexUtils的代码清理。转换为1.5成语
- 清理PathTools和补充检验方法的注释,使核心完全覆盖
- 修正了先前的承诺编辑cdk.keyword线,而不是cdk.module行
- 用更一致的关键字
- 增加了一个试验,以确保Integer对象按值进行比较,而不是参照
- 添加一个测试用例来检查原子容器的diff使用反序列化对象时是正确
- 固定IntegerDifference因此,它实际上检查整数值,而不是Integer对象的引用。修复其中一个对象序列化到磁盘,然后反序列化不匹配原始对象的问题(即非空字符串的diff)
- 应用补丁#2675819(斯特凡·库恩):补丁到removeReaction添加到reactionSet
- 使用接口而不是执行
- 删除未使用的进口
- 使用IAtomContainer代替IMolecule,作为实际匹配使用IAtomContainers已经(修订#2686249)
- 修正了一个ClassCastException(修订#2685134)
- 添加源ATTRIB修复建设Ubuntu的.deb文件
- 修正了帮助构建系统:使用的doclet罐子在develjar /;更新了新的src文件夹中的src / main;删除非常过时的使用rt.jar中的
- 删除libdepends包括测试ioformats,它实际上并没有libdepends
- 更新,这样,如果一个靶原子不具有的符号(如伪原子)的比赛返回false(而不是NPE)
- #n的固定妥善处理妙语querys
- 添加测试用例错误2686473
- 在蚂蚁1.7.1添加了注意事项需要
- 修正了一个NPE来源:“空== 2”导致异常,所以首先测试NULL的含量
- 修正了版权声明,2009年
- 的布局模板,其中仅SDG模块中属于固定的重复存储,而不是额外的模块太
- 合并分支混帐SVN / CDK 的../../'local1.2“
在什么版本1.2.0新是:
- 修正了几个SMARTS解析问题,使用两-letter符号和IPseudoAtom在指纹识别器,并增加了4个新的原子类型定义,碘,硫。
在什么版本1.1.5新是:
- 晴bug修复
什么在版本1.1.4是新的:
- 大多是小错误修正
在什么版本1.1.1是新的:
- 大多是小bug修复和一般的代码清理。
在什么版本1.1.0是新的:
- 有很多很多的变化
要求:
- Java 2标准版运行环境
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