KEGG2SBML

KEGG2SBML 1.5.0

的系统生物学标记语言(SBML)是基于XML的描述语言表示计算模型在系统生物学和生物信息学。KEGG2SBML的功能目前仅限于只转换KEGG代谢途径的文件,而不是其他类型的KEGG文件。KEGG2SBML可以转换KEGG通路数据库版本46.0或更高版本。 (过去KEGG通路数据库的版本都没有经过测试,可能不会被KEGG2SBML进行转换。)它可以产生SBML Level 1和Level 2(第1版),有或没有不标注使用CellDesigner和SBML 2级版本2级和2级第3版的注解。 ...

Topographica

Topographica 0.9.7a

Topographica是一个软件包,用于神经地图的计算模型。目的是帮助科学家理解大脑功能的组成感觉和运动系统地形图的水平。Topographica旨在补充了许多很好的低级别的神经元模拟器可用,如创世纪和神经元。这些模拟​​器专注于模拟神经元,其中小型网络的详细内部行为。Topographica代替集中于大型的结构和功能是可见只有当成千上万这样的神经元被连接到含有百万连接地形图。许多重要的现象无法加以研究没有这种大的网络,包括两维视觉方向和运动方向的地图,和对象分割和分组处理的组织。为了使这样的模型实用,在...

Gato

Gato 1.1.2

图是连接顶点对数学对象,包括顶点和边:认为城市为顶点和州际公路的边缘连接两个城市。算法可能发现的最短路径 - 最快的路线 - 或者最小生成树或解决在图形上其他有趣的问题之一:最大流量,权重和非权重匹配和最小费用流。可视化装置连接的原因 - 一种算法的发言 - 立即的效果 - 变化的曲线,该算法具有作为其输入 -...

Apache Hama

Apache Hama 0.7 更新

阿帕奇哈马是一个工具包使用的介质,其中需要大量的数据进行分析和处理。哈马专门针对科学介质中,能够还解释和执行基本或更高级的数学运算,同时​​,也从多个集群(基于云基础设施)起作用。这主要是由于它的BSP(散装同步并行)的功能,能够从矩阵为基础的数据处理任何​​,基于网络的计算等许多更多。至于它的结构哈马是由三部分组成:外壳,哈马核心,一个公共的API。这些工具可以用来与系统无论是在实时或预定任务交互 是什么在此版本中是新的: 修正/改善DoubleVector和DenseDoubleVector...

Artoo

Artoo 1.8.1 更新

Artoo开发人员可以通过Ruby代码控制机器人和各种硬​​件设备。这基本上使开发人员能够放下复杂的机器代码,并使用Ruby来代替。Artoo不仅与红宝石的作品,而且还与的JRuby 和 Rubinius的作为良好。该混合动力集团也提供了类似的机器人框架:JavaScript的(Cylon.js)去(Gobot)下面是来自洛杉矶的Ruby会议2013年视频演示Artoo的。 功能: 支持的驱动程序,硬件及平台: Ardrone 的Arduino BeagleBone Crazyflie ...

DendroPy

DendroPy 4.0.2 更新

它提供了类和函数与系统发生数据,如树木和字符矩阵工作。它还支持读取和写入数据的范围为标准系统发生的数据格式,如NEXUS,NeXML,PHYLIP,的Newick,FASTA等。此外,用于执行一些有用的进化计算脚本分布为库,如SumTrees,其概括了用于通过系统发生树的后部样品给定分裂或分支的支持的一部分。有扩展文档和教程文件在下载包 什么是此版本的新: 在新的元数据基础设施注释:AnnotationSet和注释完全支持NeXML 0.9元数据分析和编写。...

big.js

big.js 3.1.3 更新

big.js 是一个精简版的 bignumber.js ,以较小的方法和较轻的项目,更小的尺寸。就像当初,图书馆纯属提高JavaScript的内置数学函数与BigDecimal的Java类的功能。开发人员应该能够使用big.js无需任何外部的依赖或不具有页上装载的笨重JavaScript框架。该库可工作在客户端(浏览器)和服务器端(Node.js的)环境。文档也包括在内,让开发商开始对自己的项目。 是什么在此版本中是新的: 在加多个构造函数的功能。 什么在3.0.1版本新: ...

BioRuby

BioRuby 1.5.0 更新

BioRuby提供了生物信息学的集成环境(生物信息学)。面向对象的脚本语言Ruby有许多功能,适用于生物信息学研究,例如,清楚的语法来表达复杂的对象,对于文本处理正则表达式一样强大的Perl的大局;,各种各样的图书馆,包括Web服务等。由于Ruby的语法很简单,很干净,我们认为这是简单易学,适合初学者,易于使用的生物学家,也是足够强大的软件开发人员。在BioRuby,开发人员可以检索平面文件,互联网Web服务器和本地关系型数据库的生物资料库的条目。这些数据库条目可以被解析以提取所需的信息。生物序列可以用红宝...

Gobot

Gobot 0.9.0 更新

Gobot允许开发人员编写,它通过谷歌的开始语言控制物理硬件的应用程序。Gobot支持通用I / O驱动程序和几个主要的硬件平台以及。这使编程人员开始编写自己的代码并运行它不会对各种设备和硬件的任何问题。它基本上使指挥机器人非常简单,无需编写复杂的机器级代码,但只能通过围棋。由于机器人和物理计算可能本身就是一个复杂的任务,一定要对你未来去为动力的机器人在开始工作前请仔细阅读Gobot文档。该混合动力集团也提供了类似的机器人框架:红宝石(Artoo)JavaScript的(Cylon.js) ...