tigreBrowser

tigreBrowser是从蒂格雷 - [R包结果的基因表达模式浏览器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。
安装：
tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。 tigreBrowser可以使用以下命令进行安装：
蟒蛇setup.py安装
有关安装Python模块（例如，没有安装root权限仅为当前用户）更多信息，请参阅http://docs.python.org/install/
启动服务器
包括在tigreBrowser Web服务器必须运行，以实际使用的结果浏览器。
您将需要由蒂格雷 - [R包（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）生成的数据库文件。此包包含一个测试数据库文件'database.sqlite'，可用于测试tigreBrowser。使用包括在德尔蒂格雷包装上的说明和实施例的数据生成测试数据库。
执行tigreServer.py启动服务器的图形用户界面。为了启动浏览器的结果，首先必须选择其中的结果将显示一个数据库文件。这可以通过选择“打开数据库文件'，并选择一个数据库文件来实现。数据库文件必须没有写权限。然后，服务器可以通过单击“启动服务器”启动。单击时，标签会出现下面的按钮显示结果浏览器的URL。
结果浏览器现在是在使用常规的Web浏览器的URL访问。在使用浏览器的指令是在本手册的下一节。浏览器是可用的，直到服务器停止使用“停止服务器”按钮。
tigreServer.py也可以用于与一个命令行界面。以'--help'选项的更多细节的脚本。
使用浏览器
数据集选择
该数据集的选择决定了结果会在结果列表及顺序可见。实验设置选项用于选择该组实验。从这些实验结果仅会显示在列表中进行。
接下来的数据集选择是转录因子（TF）或目标设置选择，根据结果浏览器是否被设置为目标排名模式或调节器排名模式（参见安装）。在目标排名模式下，TF选项可用，结果列表将包含结果与给定的TF不同的目标。在监管机构的排名模式，目标设定，选择和上市将显示结果不同的监管机构。
作为结果的数量可高，结果可以被划分成多个页。选择“每页的基因的数目”可以用来调整显示的结果数。它可以是有用的，以减少的结果，如果页面加载缓慢由于图像的庞大数量的数量。
最后，在其中，结果表明该顺序可以改变与“排序”的选择。结果将descendingly由给定准则进行排序。
过滤
结果可以通过不同的条件进行过滤。一个也可以，例如，仅显示结果​​的基因具有z得分高于一定阈值。
它可以过滤时合并多个条件。 “[+]”链接可用于添加其它标准。的准则可以使用同样除去“[ - ]”链接（未显示时，只有一个标准）。当使用多个条件，一个基因的结果必须符合所有标准将显示在列表中。
过滤被激活使用“应用过滤器”复选框。
突出
如果基因在数据库中包含的附加数据，结果可利用该数据被突出显示。可用高亮选项显示与相关联的那些选项的颜色。
该突出作品展示的基因具有相匹配的选择补充数据低于上市结果探头名称彩色框。
搜索
是可能的搜索结果，对于给定的基因。搜索的工作原理是输入逗号分隔的基因或探针名称列表的搜索框。基因别名也可以用作搜索项。
显示结果
结果对于给定的选择集，过滤器，亮点和搜索将被显示在“发送”按钮被点击。该数据库将被用于查询相匹配给定的评选结果。 “重置”按钮可以用来清除所有选择和文本框。
结果列表中包含多个列。在第一列中的探针名显示与所述探针相关联的GENENAME。旁边的基因名称，如果是一个在数据库中定义的基因表达的身影。下面列包含实际结果的基因。任何补充数据也显示在这里。实验数据将旁边的结果值显示。
最后，实验参数，如果插入到数据库中，将显示为一个桌子旁的数字

要求：

• 的Python