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NetworkX是一个Python包的创建，操控和动力，结构和复杂的网络功能研究 特点： 在允许的1M +节点，10M +缘在包括标准图论和统计物理功能在应用程序，学科和平台之间的网络算法简单交换在包括许多经典的图形和合成网络在节点和边缘可以与QUOT;什么＆QUOT; （例如，时间序列，文字，图像，XML记录）在从C，C...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比对和序列之间的最大似然进化距离准确地检测基因组之间的同源基因成对直向算法。安装从压缩包下载并解压最新版本github上：CD〜卷曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...

GPdotNET是人工智能工具，运用遗传编程和遗传算法的建模和各种工程问题优化。这是写在其中可以同时在Windows和Linux操作系统上运行的C＃编程语言.NET（单声道）的应用程序。GPdotNET于2006年开始进行建模和优化与进化算法研究生项目中。作为开源项目，GPdotNET是首次发表于2009年11月5日在codeplex.com。如果你想使用GPdotNET你需要有至少约遗传编程和遗传算法的基本知识。自第2版，GPdotNET成为跨洗车台和跨操作系统的应用程序。GPdotNET...

构建类似​​于make系统经常用于创建复杂的工作流程，如在生物信息学和NBSP; snakemake旨在通过提供一个干净的和现代的特定领域的规范语言（DSL）在python风格使创建工作流程的复杂性，以及快速，舒适的运行环境。安装 - 在Ubuntu 12.04中，可以安装Debian软件包python3-snakemake可在我们启动板库。 - 在其他系统上，你需要的Python> = 3.2的安装工作。根据您的系统，您可以通过发出任何的easy_install...

Geant4的项目是一个工具包，颗粒通过物质的通道的模拟。其应用领域包括高能物理和核实验，医疗，加速器和空间物理学研究 什么在此版本中是新的： 在使用贝尔蒂尼级联伽玛核互动的新模式加入。的贝尔蒂尼模型PI-，K-，以及用于在休息核捕获的Sigma-被引入，随着WentzelVI模型多次散射E...

在STEME项目开始生活作为一个近似的预期，Maximisation算法的图案发现者，如MEME使用模型的类型。STEME大局; EM近似运行一个数量级比更迅速的MEME实施为典型的参数设置。 STEME现已发展成为在自己的权利一个不折不扣的图案发现者。为什么要使用STEME？成熟的模式发现技术STEME是基于尝试和测试MEME算法。...

Genepidgin是一套Python的工具，协助评估和分配基因产品名称及NBSP;有三个主要组成部分：genepidgin *清洁*＆NBSP;规范了每UNIPROT命名规则基因名称genepidgin *比较*＆NBSP;比较两个或更多组基因名称的genepidgin *选择*＆NBSP;从同源性证据vareity选择最适当的产品名欲了解更多信息，包括当前的发展状况，请访问Genepidgin的文档 要求： ...

ESMF（地球系统建模框架）是一个用于构建高性能，灵活的软件基础设施，以提高易用性，便携性能，互操作性和重用气候，数值天气预报，资料同化，该ESMF定义的架构为组成复杂，加之建模系统，包括数据结构和公用设施开发个别机型。背后ESMF的基本思路是，复杂的应用程序应被分解成更小的碎片，或组件。 A成分是软件的组合物具有一致的功能，和一个标准主叫接口和行为的一个单元。部件可以组装以创建多个应用程序，和一个组件的不同实施方式可提供。在ESMF，组件可以是物理域或功能，如耦合器或I /...

衣壳是一个全面的开源平台，它集成了高性能计算管道病原体序列识别＆NBSP;与表征人类基因组和转录组以及一个可伸缩的结果数据库，用于管理用户友好的基于Web的软件应用程序，查询和可视化效果。入门您将需要MongoDB数据库，一个Python 2.6+的安装和Apache Tomcat 6+。欲了解更多详情，请阅读维基： 在修复：http://wiki.github.com/capsid/capsid/homeWhat在此版本中是新的没有找到运行减法和调整时的错误消息在固定长时间运行的查询更多的工作 ...

MISO（异构体的混合物）是用Python编写的概率框架，进行定量的表达水平与NBSP;从RNA测序数据的选择性剪接基因，并确定整个样本差异调节亚型或外显子。通过模拟的生成过程，其中读取来自于RNA测序亚型的生产，从MISO模型使用贝叶斯推断来计算该读出来自一个特定同种型的概率。MISO使用的读操作亚型定量底层一套替代mRNA异构体的丰度的推断分配。置信区间过度估计可以得到的，其量化所述估计值的可靠性。请参阅http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/的MISO手动和文档...