Jmol

Jmol 是一个开源，跨平台和免费的图形软件，最初设计用作3D化学结构的分子查看器。它以四种独立模式运行，如HTML5 Web应用程序，Java程序，Java小程序和“无头”服务器端组件。

主要功能包括高性能3D渲染支持，无需任何高端硬件，将文件导出为JPG，PNG，GIF，PDF，WRL，OBJ和POV-Ray格式，支持基本单元格，支持RasMol和Chime脚本语言，以及JavaScript库。

此外，该软件还支持动画，曲面，振动，轨道，测量，对称和单位单元操作以及原理图形状。

目前，该应用程序支持多种文件格式，其中我们可以提到MOL MDL，V3000 MDL，SDF MDL，CTFile MDL，CIF，mmCIF，CML，PDB，XYZ，XYZ + vib，XYZ-FAH， MOL2，CSF，GAMESS，Gaussian，MM1GP，HIN HIN / HIV，MOLPRO和MOPAC。

此外，还支持CASTEP，FHI，VASP，ADF，XSD，AGL，DFT，AMPAC，WebMO，PSI3，CRYSTAL，MGF，NWCHEM，odydata，xodydata，QOUT，SHELX，SMOL，GRO，PQR和JME

支持所有主要的网络浏览器

该软件已成功通过所有主要网络浏览器测试，包括Mozilla Firefox，谷歌浏览器，Internet Explorer，Opera和Safari。上述浏览器应用程序已经在所有主流操作系统上进行了测试（请参阅下一节支持操作系统）。

Jmol是一种独立于平台的应用程序，采用Java编程语言编写，旨在支持所有GNU / Linux发行版，Microsoft Windows和Mac OS X操作系统以及安装Java Runtime Environment的任何其他操作系统。 / p>

此版本中的新功能：

• 错误修复：Jmol SMILES不允许插入代码搜索 - 添加“ ^＆QUOT;插入代码：[G＃129 ^ A。*]

版本中的新功能：

• 错误修复：Jmol SMILES不允许插入代码搜索 - - 添加“^”插入代码：[G＃129 ^ A。*]

版本14.20.3中的新功能：

• 错误修复：Jmol SMILES不允许插入 - 代码搜索 - 添加“^”插入代码：[G＃129 ^ A。*]

版本14.6.5中的新功能：

• 错误修复：Jmol SMILES不允许插入代码搜索 - 添加“^”插入代码：[G＃129 ^ A。*]

版本14.6.1中的新功能：

• 错误修复：Jmol SMILES不允许插入 - 代码搜索 - 添加“^”插入代码：[G＃129 ^ A。*]

版本14.4.4 Build 2016.04.22中的新功能：

• 错误修复：注释原子集没有根据添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.4.4 Build 2016.04.14中的新功能：

• 错误修复：注释原子集没有根据添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.4.4 Build 2016.03.31中的新功能：

• 错误修复：注释原子集没有根据添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

什么是新的：

• 错误修复：注释原子设置未针对添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.4.3 Build 2016.02.28中的新功能：

• 错误修复：注释原子集没有根据添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.4.2 Build 2016.02.05中的新功能：

• 错误修复：注释原子集没有根据添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.4.0 Build 2015.12.02中的新功能：

• 错误修复：注释原子集没有根据添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.2.15中的新功能：

• 错误修复：注释原子设置未针对添加的氢进行调整
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.2.13中的新功能：

• 错误修复：注释原子集未针对添加进行调整氢
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.2.12中的新功能：

• 错误修复：注释原子集未针对添加进行调整氢
• 错误修复：14.3.3_2014.08.02破坏了mmCIF读者
• 错误修复：在14.1.12_2014.03.18中打破BinaryDocument（斯巴达文件）阅读

版本14.1.8 Beta中的新内容：

• 新功能 - 设置cartoonRibose：
• 吸入核糖环，刻面显示褶皱
• 明确地通过C4'-C5'-O5'-P连接
• 显示C3'-O3'以供参考。
• 禁用cartoonBaseEdges（Leontis-Westhof Edges）
• 由SET cartoonBaseEdges ON
禁用
• 俄亥俄州立大学Rick Spinney建议
• 新功能：动画帧[a，b，c，d]使用负数表示范围：
• 动画帧[1，-5,10，-6] - ＆gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• 读作“1到5然后10到6”
• 新功能：Tinker文件阅读器（和FoldingXYZ阅读器升级）：
• 可以使用Tinker ::但只有在第一行是JUST an atomCount
时才需要这样做
• 适用于旧的Tinker格式，其中n-1个原子用于atomCount
• 允许轨迹和所需的型号
• 新功能:(实际上是13.1但未记录）动画帧[51 50 49 48 47 46 45（等）27 1 2 3 4 5 6 7（等）....]
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;）
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，＆quot; all＆quot;）
• 新功能：x =比较（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，“best＆quot;”
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，＆quot; H＆quot;）
• 新功能：x = compare（{atomset1}，{atomset2}，＆quot; MAP＆quot;，＆quot; allH＆quot;）
• 新功能 - x = compare（{atomset1}，{atomset2}，“MAP＆quot;”，“bestH”）：
• 基于非芳香SMILES生成一个或多个相关性列表
• 任选地包括H原子
• 可选地生成所有可能的原子映射
• 返回int [] [] = [[a1 b1]，[a2 b2]，[a3 b3]，...]
• 其中a和bn是整数原子索引或列出“all”时的列表选择了选项。
• 以下将为包括氢原子的两个结构生成一个原子相关性图：加载文件“a.mol”。 ＆QUOT; b.mol＆QUOT; x =比较（{1.1} {2.1}“MAP”＆quot; H“）
• 以下将NCI中的咖啡因模型与PubChem中的咖啡因模型进行比较：
• load $ caffeine; load append：caffeine; frame *
• 选择2.1;标签％[atomIndex]
• compare {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
• x =比较（{1.1}，{2.1}，＆quot; MAP＆quot;＆quot; bestH＆quot;）
• for（a in x）{a1 = a [1]; a2 = a [2]; select atomindex = a1; label @ a2}
• 新功能：比较{model1} {model2} SMILES：
• 无需给予SMILES; Jmol可以从{model1}
生成它
• 新功能：x = {*}。find（＆quot; SMILES＆quot;，＆quot; H＆quot;）：
• 生成具有显式H原子的SMILES
• bug修复：substructure（）函数使用SMILES而不是SMARTS，所以只有完整的结构;
• 错误修复：更好的错误捕获和SMILES相关方法中的消息
• 错误修复：让webexport发现Jmol.jar和jsmol.zip的路径更加健壮。
• 错误修复：getProperty extractModel不尊重子集
• 错误修复：设置pdbGetHeader TRUE不捕获REMARK3 REMARK290 REMARK350
• 错误修复：getProperty（＆quot; JSON＆qu​​ot;，....）应将值包装在{value：...}
• 错误修复：在11.x
中破坏了MO持久性半透明度
• 错误修复：显示MENU写入MENU加载菜单全部在12.2中打破
• 错误修复：如果nAtoms
，{*} [n]应为空

版本14.0.7中的新功能：

• 错误修复：14.0.6致命错误 - unitcell和echo rendering，getProperty

14.0.5版中的新功能：

• 错误修复：LCAOCartoon半透明损坏
• 错误修复：半透明骨干破碎
• 错误修复：pqr，p2n读者坏了
• 错误修复：如果surface是一个片段（某种程度上）有一个与基础原子无关的点，则isosurface map属性xxx可能会失败。

版本14.1.5 Beta中的新功能：

• 错误修复：LCAOCartoon半透明损坏
• 错误修复：半透明骨干破碎
• 错误修复：pqr，p2n读者坏了
• 错误修复：isosurface map属性xxx可能会失败，如果surface是一个片段（某种程度上）有一个与底层原子无关的点。

版本14.0.4中的新功能：

• 错误修复：火箭发生故障
• Bug修复：PDB byChain，bySymop不受支持。

14.0.2版中的新功能：

• 错误修正：调制无法区分q和t;
• 错误修复：调制测量不起作用
• 错误修复：没有跳过设置defaultLattice＆quot; {NaN NaN NaN}＆quot;
• 错误修复：isosurface map原子轨道失败
• 错误修复：距离调制的振动显示不会更新
• 错误修复：振动关闭会导致控制台中出现不必要的警告
• 错误修复：绘制symop破碎
• 错误修复：array.mul（matrix3f）崩溃了Jmol
• 错误修复：选择symop = 1555 broken
• 错误修复：设置选择拖动选择不起作用
• 代码：重构的CifReader，分离出MMCifReader和MSCifReader代码：SV中方法的重命名/重构
• code：添加javajs.api.JSONEncodable接口
• org.jmol.script.SV中的超级简单实现
• 允许javajs的实现提供自定义JSON结果

版本14.1.2 Beta中的新功能：

• 新功能：JavaScript：JSmol api Jmol.evaluateVar（applet，expression）：
• 优于Jmol.evaluate，因为结果是JavaScript变量，而不是字符串。
• 弃用JSmol api Jmol.evaluate（小程序，表达）
• 新功能：getProperty（＆quot; JSON＆qu​​ot;，....）：
• 返回属性
的JSON代码
• 允许JavaScript：x = Jmol.getPropertyAsArray（＆quot; variableInfo＆quot;，＆quot; some expression＆quot;）
• 新功能：getProperty variableInfo：
• 允许以Java或JSON格式检索变量
• 评估表达式
• 默认为“all”
• 新功能：调制可通过q和t调整，最高可达d = 3：
• 调制开/关（所有原子）
• moduation {atom set} on / off
• modulation int q-offset
• modulation x.x t-offset
• modulation {t1 t2 t3}
• modulation {q1 q2 q3} TRUE
• 新功能：pickedList：
• 最近拾取的原子的有序数组
• 可以与PICKED变量使用相同，但是按顺序排序，而不是暂时排序
• 两次点击结构清除列表
• @ {pickedList} [0]最后挑选的原子
• @ {pickedList} [ - 1] next-to-last-picking atom
• @ {pickedList} [ - 1] [0]最后两个拾取的原子
• 新功能：array.pop（），array.push（） - 类似于JavaScript
• 新功能：调制比例x.x
• 新功能：标题“xxxxx” x.x - 运行的秒数
• 新功能：调制0.2 //设置t值
• 新功能：array.pop（），array.push（x）
• a = []; a.push（＆quot; testing＆quot;）; print a.pop（）
• 新功能：选择ON / OFF atom-set：
• 打开或关闭选择光晕以及进行选择
• 仅限便利
• 新功能：pt1.mul3（pt2）：
• 返回{pt1.x * pt2.x，pt1.y * pt2.y，pt1.z * pt2.z}
• 如果两者都不是积分，则恢复为简单乘法
• new reature：array.mul3（pt2） - 将mul3应用于数组的所有元素
• 新功能：{atomset} .modulation（type，t）：
• 提供P3（位移调制）
• 仅针对type =＆quot; D＆quot;实现（可选）
• 默认情况下，可选t为0
• 错误修正：调制无法区分q和t;
• 错误修复：调制测量不起作用
• 错误修复：没有跳过设置defaultLattice＆quot; {NaN NaN NaN}＆quot;
• 错误修复：isosurface map原子轨道失败
• 错误修复：距离调制的振动显示不会更新
• 错误修复：振动关闭会导致控制台中出现不必要的警告
• 错误修复：绘制symop破碎
• 错误修复：array.mul（matrix3f）崩溃了Jmol
• 错误修复：选择symop = 1555破解错误修复：设置选择拖动选择不起作用
• 代码：重构的CifReader，分离出MMCifReader和MSCifReader
• 代码：SV中方法的次要重命名/重构
• code：添加javajs.api.JSONEncodable接口：
• org.jmol.script.SV中的超级简单实现
• 允许javajs的实现提供自定义JSON结果

14.0.1版中的新功能：

• 新功能：Jmol._j2sLoadMonitorOpacity（默认为55）
• 新功能：load（）函数，如在print load（＆quot; xxx＆quot;）中，applet中有限的本地文件读取：
• 没有根目录文件
• 没有没有扩展名的文件
• 没有任何带有“/.&”的文件在路径
• 新功能：安全签名的JAR文件
• 新功能：applet JAR文件包含用于本地文件加载的JNLP（Java网络启动协议）
• 新功能：JSmol网址选项_USE = _JAR = _J2S =覆盖信息数据
• 新功能:(已存在但未记录）print四元数（[四元数组]） - 返回球形意味着a la Buss和Fillmore
• 新功能：print quaternion（[array of quaternions]，true）：
• 返回球面平均值a la Buss和Fillmore
的标准偏差
• 单位是角度
• 新功能 - 命名四元数模数值：
• print quaternion（1,0,0,0）％＆quot; matrix＆quot;
• 选项包括w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
• ew feature - set celShadingPower：
• 设定cel阴影强度
• 整数值
• 默认10是粗线
• 5是一条细线
• 0关闭cel阴影
• 负值会删除内部阴影 - 仅限轮廓
• 基于法线到光源（功率> 0）或用户（功率＆lt; 0）对像素进行操作
• 当normal_z＆lt;时，将颜色设置为背景对比度（黑色或白色）。 1 - 2 ^ - （| celShadingPower | / 10）
• 新功能：mmCIF阅读报告Jmol脚本控制台中的_citation.title
• 新功能：最小化SELECT {atomset} ONLY - ONLY选项排除所有其他原子
• 新功能：最小化{atomset} - 隐式SELECT和ONLY
• 新功能 - “扩展程序” JSmol中用于提供JS和SPT脚本的目录：
• jsmol / JS / EXT
• jsmol / SPT / EXT
• 新功能：加载...过滤器“ADDHYDROGENS” - 本地设置pdbAddHydrogens仅用于一个加载命令
• 新功能：比较{1.1} {2.1} BONDS SMILES
• 新功能：list = compare（{atomset1} {atomset2}＆quot; SMILES＆quot;＆quot; BONDS＆quot;）
• 新功能：编写JSON xxx.json
• 新功能：[＃210] JSON {＆quot; mol＆quot;：}}读者
• ew feature - set particleRadius：
• 原子半径超过最大半径值（16.0）
• 默认为20.0
• 新功能 - CIF和PDB过滤器“BYCHAIN”和“BYSYMOP”用于病毒颗粒化：
• 每个链或每个symop只创建一个原子
• 尺寸可以使用例如：
大于16埃的最大尺寸
• 设置particleRadius 30;
• spacefill 30; //这里任何超过16的数字都使用particleRadius而不是
• 新功能：list = compare（{atomset1} {atomset2} SmartsString＆quot; BONDS＆quot;）
• 新功能：symop（）函数允许PDB和mmCIF的生物分子过滤器对称
• 新功能 - isosurface SYMMETRY：
• 将对称运算符应用于isosurface
• 更有效的渲染和创作
• 默认选择仅为{symop = 1}
• 默认着色是根据propertyColorScheme
通过symop着色
• 例如：
• 加载1stp过滤器“biomolecule 1”
• color property symop
• isosurface sa resolution 0.8 symmetry sasurface 0
• 新功能 - 新原子属性：chainNo：
• 每个模型从1开始顺序排列;
• chainNo == 0表示“无链”。或chain =''
• 新功能 - new propertyColorScheme＆quot; friendly＆quot;：
• 色盲友好配色方案
• 在RCSD
使用
• 新功能：JSpecView完全没有Java;包括2D nmr和PDF光谱打印
• 新功能 - WRITE PDF＆quot; xxx.pdf＆quot;质量＆gt; 1请求横向模式：
• 使用高效的自定义PDF创建类
• 尺寸图像以适合（如果太大）
• 新功能：JSpecView为JavaScript添加PDF和2D NMR
• 新功能：加载＆quot; == xxx＆quot;过滤器“NOIDEAL” - 使用“非理想”的PDB从PDB加载化学组分。坐标集
• 错误修复：写入CD已删除; ChemDoodle改变了格式;使用JSON代替
• 错误修复：PDB和CIF文件指示PAU等程序集为负数
• 错误修复：没有旋转的COMPARE启动无限循环
• 错误修复：循环问题延迟（-1）
• 错误修复：JavaScript中的Chrome鼠标滚动
• 错误修复：用于语言更改的JavaScript弹出菜单修复
• 错误修复：未处理JavaScript核心组件; Jmol._debugCode无法识别
• 错误修复：生物分子的单位细胞偏移不正确;原点不对轴。
• 错误修复：isosurface / mo FRONTONLY broken
• 错误修复：用JavaScript破解语言本地化
• 错误修复：ADF阅读器未读取DIRAC Build 201304052106的MO输出
• 错误修复：Safari报告黄色Jmol信息而不是要求接受小程序
• - 标签必须
• 错误修复：CIF阅读器无法正确处理_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - 错误的原子设置为load = 3fsx.cif过滤器＆quot; ASSEMBLY 1＆quot;
• 错误修复：[＃558与ChemDoodle的兼容性问题]在Number.toString（）的定义中出现JSmol错误
• 错误修复：鼠标滚轮无法正常工作
• 错误修复：JavaScript J2S编译器错误不强制int + = float到整数
• 错误修复：JavaScript WEBGL选项已损坏
• 错误修复：JavaScript NMRCalculation不访问资源
• 错误修复：未实现JavaScript立体声
• 错误修复：MOL阅读器修复多模型文件（仅13.3.9_dev）
• 错误修复：加载APPEND的MOL阅读器错误 - 不会继续原子编号
• 错误修复：CIF调制阅读器不读取细胞波向量的线性组合
• 错误修复：CIF读取过滤器“BIOMOLECULE 1”如果只是身份操作
则失败
• 错误修复：mmCIF阅读器未读取所有_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression选项
• 错误修复：PDB CRYST条目1.0 1.0 1.0 90 90 90应该是指“无单元格”不管生物分子过滤器
• 错误修复：等值面板不能很好地适应平面分子，如HEM
• 错误修复：print userfunc（）可能失败（userfunc（）本身就没问题了）
• 错误修复：未在C-alpha聚合物中实施（螺旋）
• 错误修复：_modelTitle在加载或删除新文件时未更新
• 错误修复：{*}。symop.all没有正确地提供对称运算符
• 错误修复：对于URL中的SMILES中的三重绑定
• 错误修复：build.xml缺少PDF创建类
• 错误修复：在Java更新之后，为本地签名小程序添加正确的路径检查
• 错误修复：{xxx} .property_xx未保存在州（已损坏8/7/2013 rev 18518）
• 错误修复：已更新已签名和未签名的小程序JAR文件的清单
• 错误修复：写入失败
• 错误修复：applet scriptWait（）方法已损坏
• 错误修复：PyMOL会话可以在从已保存状态读取后显示单元格
• 错误修复：MMCIF阅读器因多种程序集类型而失败
• 错误修复：CIF阅读器“生物分子1”转化为“分子”而不是“汇编”
• 错误修复：加载多个文件不起作用的轨迹
• 错误修复：JS applet弹出菜单在语言更改时未正确关闭
• 错误修复：未分配HTML复选框ID属性
• 代码：重构applet / appletjs代码; org.jmol.util.GenericApplet
• 代码：重构，简化缓冲读取器和缓冲输入流。
• 代码：JavaScript重构，更好的构建_... xml
• 代码：JavaScript Integer，Long，Short，Byte，Float，Double all reworked
• 代码：消除GT ._
• 代码：将所有不必要的内部类重构为顶级
• code：使用api / JmolModulationSet
隔离util / ModulationSet
• 代码 - 从普通.po文件读取的所有applet语言本地化：
• 至于JavaScript已经
• 无需为applet语言编译类文件
• 没有语言.jar文件
• new jsmol / idioma目录保存Java和HTML5的.po文件
• 代码：更快的isosurface渲染添加隐式“frontonly”只选择{xxx}
• 代码：具有隐式“isosurfacepropertySmoothing FALSE”的更快的等值面渲染在相关（整数）情况下
• code：JmolBinary.getBufferedReaderForResource（） - 合并对URL.getContent（）和Class.getResource（）的所有引用
• code：JavaScript解决变量名称重新分配的内部类问题
• 代码：解决eval（functionName）无法在JavaScript中运行。
• 代码：试验环境遮挡
• 代码：为Java Ju51（2014年1月）添加了必需的清单。
• code：JmolOutputChannel已移至javajs.util.OutputChannel
• 代码：jsmol.php已修复为允许“在saveFile方法
• 代码：将Parser重构为javajs.util
• 代码：DSSP移至org.jmol.dssx，将JSmol生物负载降低20K
• 代码：iText包放弃了，不再是nec，因为我写了自己的PDF创建者

要求：

• Oracle Java标准版运行时环境