新 生物信息学 为 Linux

STEPS是包在任意复杂的三维几何精确的随机模拟反应扩散系统。我们的堆芯模拟算法的Gillespie的SSA的实施方案，延长处理过的分子三维四面体网状物的元素的扩散。虽然它主要开发用于模拟在树突和周围神经突触的信号通路的详细模型，它是一个普通的工具，可以用于研究任何生化途径中的空间梯度和形态被认为发挥作用。我们已实现的步骤作为一组Python模块，这意味着步骤的用户可以使用Python脚本来控制建立模型，生成网格，控制模拟和产生和分析输出的所有方面。核心计算例程仍实现为用于执行的最大速度的C / C...

NEO（神经合奏的对象），是一个项目，提供一套通用的基类神经的数据分析中使用，以获得OpenElectrophy，NeuroTools或许其他项目有类似目标的更紧密的目的。两个主要的目标已经确定，到目前为止：＆NBSP; *第一个里程碑是提供一种用于处理电生理（体内和/或模拟的）数据定义通用类名和概念。＆NBSP; *第二个里程碑是重新实现这些抽象类，因为这会满足两个项目的模块。该项目背后的人来讨论非常开放。任何反馈是很高兴的欢迎和高度赞赏 要求： ...

OpenElectrophy是一个框架，以方便操作，存储和电生理数据进行分析。它可以从许多不同的文件格式导入数据，并将它们存储在单个SQL型数据库。包括OpenELectrophy分析工具振荡检测和穗检测。进一步的分析必须被写入但OpenElectrophy提供类和函数的库，它的高度有利于在数据库和其操作有用的数据的查询。 。提供的脚本示例的完整列表，并且可以简单地修改，以适应任何具体数据，需要 要求： ...

泥炭是一套用于捕获，预测和分析蛋白质的生物物理特性的方案。见http://enzyme.ucd.ie/PEAT的文档，说明，截图等 要求： ...

挖洞轮车定位仪（BWA）是对齐针对长期参考序列比较短的碱基序列，例如，人类基因组的高效程序。该软件实现了两个算法，BWA-短期和BWA-SW。前者作品查询序列比200bp的短，达到约100kbp后者为更长的序列。两种算法做跳空对齐。它们通常更精确和更快的具有低错误率的查询。请参阅BWA手册页了解更多信息。 BWA是否对齐454读取？＆NBSP;是的，没有。 BWA的BWA-SW部分运作良好，在454读取约200个基点以上。它实现了类似的对准精度来SSAHA2而快得多。...

SSuMMo是功能设计围绕反复使用HMMER以序列分配到类群＆NBSP库;结果在很大程度上注明树显示，社区内的物种/属分布。包含源代码程序，包括工具： - - 建立隐马尔可夫模型的层次数据库 - dictify.py; - 分配序列公认的分类名称 - SSUMMO.py; - 分析生物多样性，采用辛普森，香农与其他方法 - rankAbundance.py; - 可视化结果带有明显的能力，很容易交叉对比数据集进化树 - comparative_results.py -...

虾虎鱼是用虾虎鱼下一代数据管理框架创建用于读取二进制数据文件的Python API。通常情况下，这个目录当属完整的虾虎鱼包的一部分，可从：＆NBSP; HTTP：//goby.campagnelab.org/完整的软件包包括Java源代码。如果从PyPI上或其他一些Python特定的源下载这个包，你可能已经收到的代码只有Python的一部分。开发警告该虾虎鱼Python库并不像成熟的Java实现。它可能是更不稳定的，并非意在提供一套完整的被发现在Java版本的功能。安装：＆NBSP;...

PySCeS是由三重-J组的分子细胞生理学＆NBSP开发的项目;以尽量模型和理解复杂的流程和系统，从而弥补了活细胞 特点： 在一个基于文本的模型描述语言在结构分析模块。在集成的实时仿真在非线性求解器稳态分析进行代谢控制分析模块对于表现出多稳态系统的一个分支模块在各种额外的参数扫描，数据输出和打印utilites。在动态模块加载框架。在SBML导入和导出功能。 要求： ...

Pysam是阅读和操作Samfiles＆NBSP一个Python模块;它是samtools C-API的轻量级封装。快速入门指南是在这里。更详细的文档可以在这里找到。问题和意见都非常欢迎，并应发送给该用户pysam组http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat是新的本新闻稿中： 在samtools 0.1.8和TABIX支持 要求： ...

TRMiner是一个Python的工具，旨在科学数据策展人＆NBSP;它允许快速修剪科学出版物的大集合相关的一个给定的挖掘目标句子。这是在两个步骤中实现的。首先，文本tranlated为标记相关的单词序列。其次，正则表达式模式中搜索令牌序列。 。火柴被翻译回自然语言的句子和作为提供基于HTML5的输出，允许手动策展人进行排序，并为进一步的阅读和信息提取率匹配 要求 ...