AREM

AREM 1.0.1

AREM是一款基于MACS（基于模型分析的ChIP-SEQ数据）。高通量测序耦合到染色质免疫沉淀（芯片起）被广泛用于表征基因组范围的转录因子，辅因子，染色质改性剂，和其它DNA结合蛋白结合模式。在芯片起数据分析的一个关键步骤是由映射高通量测序短读取到参考基因组，并确定富含短读取峰值区域。虽然有几种方法已经被提出用于芯片起分析，大部分现有ACTUAL方法仅考虑读取，可以唯一地放置在参照基因组，并因此具有低的功率，用于检测峰值LO-重复序列内cated。在这里，我们介绍一种概率进近的芯片起的数据分析，利用所有的...

11 May 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
Linux
阅读更多
CWC Simulator

CWC Simulator 0.6

CWC模拟器是一个C ++实现化学武器公约，一个微积分的代表性和模拟生物系统＆NBSP的;安装成功后（请参阅安装），你就可以运行模拟了CWC机型，如在一些实例（见例子/）。（命令行）界面作为一个普通的用户，你应该运行：-i model.cwc-o -t -s -n -c --qt阈值-q -w 其中： - 是可执行文件的名称（默认：SCWC）;＆NBSP; - model.cwc是输入CWC程序（见例子）;＆NBSP; - 统计数据是输出文件的前缀;＆NBSP; - ...

11 May 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
Linux
阅读更多
Syntainia

Syntainia 0.5.0.0

Syntainia是一个创新的应用为多个基因组的可视化及NBSP;它提供了一个简单而直观的用户界面来查看和操纵基因组之间的关系。更清晰的基因的可视化，它是更容易为研究者以识别多个基因组中同线性保护。  Syntainia是一个桌面应用程序，它看起来不错，在Windows，Linux和Mac OS X上运行流畅，而且也适用于任何其他操作系统与Java 6。 什么是新的的此版本： ...

11 May 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
Linux
阅读更多
picme

picme 1.0

picme是包含项目估算并绘制系统发育信息量用于大型数据集Python包。安装目前，安装程序最简单的方法是：混帐混帐克隆：//github.com/faircloth-lab/picme.git /路径/到/ picme运行测试：CD /路径/到/ picme /蟒蛇测试/...

11 May 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
Linux
阅读更多
tapir

tapir 1.0

貘是一个Python的工具，它包含程序估算并绘制系统发育信息量用于大型数据集。引用貘当使用貘，请引用： - 公元前费尔克洛思，长安Ĵ，阿尔法罗ME：貘使系统发生信息量的高通量分析。 - 汤森JP：仿形系统发育信息量。系统生物学。 2007年，56：222-231。 - 池塘SLK，弗罗斯特SDW，缪斯SV：的HyPHY：假设使用系统发育测试。生物信息学2005，21：676-679。安装目前，安装程序最简单的方法是：混帐混帐克隆：//github.com/faircloth-lab/tapir.git...

11 May 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
Linux
阅读更多
STEPS

STEPS 1.3.0

STEPS是包在任意复杂的三维几何精确的随机模拟反应扩散系统。我们的堆芯模拟算法的Gillespie的SSA的实施方案，延长处理过的分子三维四面体网状物的元素的扩散。虽然它主要开发用于模拟在树突和周围神经突触的信号通路的详细模型，它是一个普通的工具，可以用于研究任何生化途径中的空间梯度和形态被认为发挥作用。我们已实现的步骤作为一组Python模块，这意味着步骤的用户可以使用Python脚本来控制建立模型，生成网格，控制模拟和产生和分析输出的所有方面。核心计算例程仍实现为用于执行的最大速度的C / C...

15 Apr 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
Linux
阅读更多
NEO

NEO 0.3.3

NEO（神经合奏的对象），是一个项目，提供一套通用的基类神经的数据分析中使用，以获得OpenElectrophy，NeuroTools或许其他项目有类似目标的更紧密的目的。两个主要的目标已经确定，到目前为止：＆NBSP; *第一个里程碑是提供一种用于处理电生理（体内和/或模拟的）数据定义通用类名和概念。＆NBSP; *第二个里程碑是重新实现这些抽象类，因为这会满足两个项目的模块。该项目背后的人来讨论非常开放。任何反馈是很高兴的欢迎和高度赞赏 要求： ...

15 Apr 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
Linux
阅读更多
按类别搜索
热门软件