顶部 生物信息学 为 Linux

CodonW是旨在简化密码子和氨基酸的使用多因素分析（对应分析）的程序。它还计算密码子使用的标准指标。它有两个菜单和命令行界面。该CodonW项目在保锐，遗传学系，英国诺丁汉大学的实验室写由约翰·佩登。约翰是工作在人类遗传学和目前受聘为ProCardis数据库管理器在WTCHG在牛津大学。这里是“CodonW”的一些主要特点：·用ANSI标准的C·菜单驱动·命令行选项广泛号·独立的遗传密码·上没有限制1.数字序列2.序列长度·计算的密码子使用指数1.蔡：密码子适应指数2. Fop的：优化密码子频率3....

LSim叠加大分子电子密度和计算的结构相似性得分。其计算线性扩展与分子的大小进行比较。的LSim路线在概念上是无关的生化结构元件，因此，是无偏和适当的用于结构只蛋白相似的研究。安装方式：解压缩分发文件：焦油-xzvf lsim-linux.tar.gz移动到文件目录：CD lsim.1.0.0复制，移动或可执行文件lsim链接到一个合适的位置 - 和确保lsim是通过PATH环境可变，例如访问：CP lsim的/ usr / local /...

CLC序列器创建的软件环境，使用户能够进行基本的生物信息学分析和流畅的数据管理，加上出色的图形查看和输出选项。以下是“CLC免费工作平台”的一些主要特点： - GenBank中搜索和查看（直线和圆的观点） - DNA的多重比对，RNA和蛋白质（2比对算法） - 开放阅读框确定 - 从DNA翻译蛋白质（所有基因的翻译表） - 与残渣组成，分子量和等电点（对于蛋白）报告 - 邻接和UPGMA系统发育 - 限制现场分析和查看 - 其他设施的报告 - 导入/导出到一些数据格式 - 外部文件启动 -...

CLC DNA工作台创建了一个软件环境，使用户能够使大量先进的D​​NA序列进行分析，并结合流畅的数据管理，以及优秀的图形查看和输出选项。CLC DNA Workbench是可在Windows，Mac OS X和Linux平台 功能： ...

MetagenomeDB是一个Python库设计，易于存储，检索和宏基因组注释和序列NBSP;。MetagenomeDB可作为对MongoDB数据库之上的抽象层。它提供了一个API来创建和修改，并连接两种类型的对象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列类）可以读，重叠群，PCR克隆等。＆NBSP;...

施塔登包是一个全面发展的一套DNA序列组装（Gap4），编辑和分析工具（旋转）为Unix，Linux和MacOSX上和MS Windows的。在Gap4面前出现了几次小的加入相关改进如何得分加盟查找内部联接和在加入编辑器中的对齐按钮的功能。还后果gap4的是各种变化io_lib（该库所有I /...

ProteinShop是用于操纵蛋白质结构的交互式工具。它被设计用来快速创建使用人类的知识和直觉一组蛋白质配置。这些配置可以进行局部或全局优化。虽然ProteinShop不进行全局优化过程本身，它提供了一个框架可用于与一个全局优化过程互动这可能是一个远程计算机上运行。ProteinShop提出了三种级别的功能Ⅰ级：显示一个三维的蛋白质结构...

贝因是一个微型LIMS和工作流程经理生物信息学，用Python写的 要求： ...

massXpert质谱包是线性的（生物）聚合物质谱环境。它继承了GNU polyxmass的所有的创新，因为它是一个项目一个跨平台开发环境的端口 什么在此版本中是新的： 的XpertMiner模块的改进，使处理列表更容易; 计算一个大的聚合物与低分辨率...峰形不会在重心平均价值为中心。的同位素簇时，这似乎修正错误的计算由一个全光谱模拟功能，它允许一个来计算谱（任选地与所有的同位素簇）通过给定的聚合物的裂解得到的低聚物的列表的基础上; 同上，但计算了一组从化学式启动M / z比后;...

E-Cell系统是在计算机上虚拟构造单元的概念。E-Cell系统是一个面向对象的软件套件进行建模，仿真和大型复杂的系统，如生物细胞，经高桥耕一架构，并通过编写一个美妙的开发团队分析。系统，E-Cell模拟环境版本3，核心部分允许具有不同时间尺度的共存受到多个算法许多组件。电子电池项目是一个国际研究项目旨在开发必要的理论支持，技术和软件平台，允许精确的全细胞模拟。E-Cell系统由以下三个主要部分组成： - E-Cell模拟环境（或E-Cell SE） - E-Cell模拟环境（或E-CELL ME）...