Adun

Adun 0.8.2

阿敦项目是一个可扩展的生物分子模拟程序，包括数据管理和分析能力。阿敦提供先进的算法和协议，可以从一个直观的用户界面，但也从一个更灵活的方案一级来访问分子模拟。它是建立在阿敦框架，它是一个功能强大的库，用于创建和操纵模拟。然而，它通过将用于分析和模拟的数据的管理工具藏汉作为提供机构，其允许容易扩展其能力超越只是进行模拟。在许多意义阿敦很简单，就是可以将任何分子模拟工具，使得它几乎是无限的增长潜力的结构。阿敦是一个新的可扩展的分子模拟程序，还包括数据管理和分析能力。以下是我们对1.0版本的软件主要目标的概述。目...

3 Jun 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
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AREM

AREM 1.0.1

AREM是一款基于MACS（基于模型分析的ChIP-SEQ数据）。高通量测序耦合到染色质免疫沉淀（芯片起）被广泛用于表征基因组范围的转录因子，辅因子，染色质改性剂，和其它DNA结合蛋白结合模式。在芯片起数据分析的一个关键步骤是由映射高通量测序短读取到参考基因组，并确定富含短读取峰值区域。虽然有几种方法已经被提出用于芯片起分析，大部分现有ACTUAL方法仅考虑读取，可以唯一地放置在参照基因组，并因此具有低的功率，用于检测峰值LO-重复序列内cated。在这里，我们介绍一种概率进近的芯片起的数据分析，利用所有的...

11 May 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
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Bioinformatics Benchmark System

Bioinformatics Benchmark System 3

生物信息学标杆体系是要建立一个合理的测试框架，测试和数据，以使最终用户和厂商探讨他们的系统的性能的一种尝试。我们现在要做的是创建一个用于测试的框架，以及测试核心组都可以下载并使用探测系统性能的具体内容。此外，源头上这些测试是根据GPL提供，并托管在Bioinformatics.org和可扩展的情报有限责任公司的想法是，以使最终用户，消费者，系统开发商，和其他人轻松地构建和使用的测量和调整的原因有意义的测试。乔兰德曼从可扩展的情报LLC构思的想法，并写了原来的代码。我们正在寻找更多的基准码建议，测试，数据集等...

3 Jun 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
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Burrows-Wheeler Aligner

Burrows-Wheeler Aligner 0.6.1

挖洞轮车定位仪（BWA）是对齐针对长期参考序列比较短的碱基序列，例如，人类基因组的高效程序。该软件实现了两个算法，BWA-短期和BWA-SW。前者作品查询序列比200bp的短，达到约100kbp后者为更长的序列。两种算法做跳空对齐。它们通常更精确和更快的具有低错误率的查询。请参阅BWA手册页了解更多信息。 BWA是否对齐454读取？＆NBSP;是的，没有。 BWA的BWA-SW部分运作良好，在454读取约200个基点以上。它实现了类似的对准精度来SSAHA2而快得多。...

14 Apr 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
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CaPSID

CaPSID 1.4.3

衣壳是一个全面的开源平台，它集成了高性能计算管道病原体序列识别＆NBSP;与表征人类基因组和转录组以及一个可伸缩的结果数据库，用于管理用户友好的基于Web的软件应用程序，查询和可视化效果。入门您将需要MongoDB数据库，一个Python 2.6+的安装和Apache Tomcat 6+。欲了解更多详情，请阅读维基： 在修复：http://wiki.github.com/capsid/capsid/homeWhat在此版本中是新的没有找到运行减法和调整时的错误消息在固定长时间运行的查询更多的工作 ...

20 Feb 15 在 教育和科学软件, 生物信息学
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