必须有 生物信息学 为 Linux

施塔登包是一个全面发展的一套DNA序列组装（Gap4），编辑和分析工具（旋转）为Unix，Linux和MacOSX上和MS Windows的。在Gap4面前出现了几次小的加入相关改进如何得分加盟查找内部联接和在加入编辑器中的对齐按钮的功能。还后果gap4的是各种变化io_lib（该库所有I /...

在STEME项目开始生活作为一个近似的预期，Maximisation算法的图案发现者，如MEME使用模型的类型。STEME大局; EM近似运行一个数量级比更迅速的MEME实施为典型的参数设置。 STEME现已发展成为在自己的权利一个不折不扣的图案发现者。为什么要使用STEME？成熟的模式发现技术STEME是基于尝试和测试MEME算法。...

STEPS是包在任意复杂的三维几何精确的随机模拟反应扩散系统。我们的堆芯模拟算法的Gillespie的SSA的实施方案，延长处理过的分子三维四面体网状物的元素的扩散。虽然它主要开发用于模拟在树突和周围神经突触的信号通路的详细模型，它是一个普通的工具，可以用于研究任何生化途径中的空间梯度和形态被认为发挥作用。我们已实现的步骤作为一组Python模块，这意味着步骤的用户可以使用Python脚本来控制建立模型，生成网格，控制模拟和产生和分析输出的所有方面。核心计算例程仍实现为用于执行的最大速度的C / C...

Syntainia是一个创新的应用为多个基因组的可视化及NBSP;它提供了一个简单而直观的用户界面来查看和操纵基因组之间的关系。更清晰的基因的可视化，它是更容易为研究者以识别多个基因组中同线性保护。  Syntainia是一个桌面应用程序，它看起来不错，在Windows，Linux和Mac OS X上运行流畅，而且也适用于任何其他操作系统与Java 6。 什么是新的的此版本： ...

SyntenyMiner是一个应用程序可视化和查询多个完整的基因组序列之间的比较。该接口提供匹配的通航，以便参考基因组序列。序列之间的匹配不同基因组染色体可以进一步审查的散点图的背景下，揭示大型和小型规模的基因组rearragements包括倒置，插入/缺失，易位和...

貘是一个Python的工具，它包含程序估算并绘制系统发育信息量用于大型数据集。引用貘当使用貘，请引用： - 公元前费尔克洛思，长安Ĵ，阿尔法罗ME：貘使系统发生信息量的高通量分析。 - 汤森JP：仿形系统发育信息量。系统生物学。 2007年，56：222-231。 - 池塘SLK，弗罗斯特SDW，缪斯SV：的HyPHY：假设使用系统发育测试。生物信息学2005，21：676-679。安装目前，安装程序最简单的方法是：混帐混帐克隆：//github.com/faircloth-lab/tapir.git...

tigreBrowser是从蒂格雷 - [R包结果的基因表达模式浏览器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。安装：tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。...

TRMiner是一个Python的工具，旨在科学数据策展人＆NBSP;它允许快速修剪科学出版物的大集合相关的一个给定的挖掘目标句子。这是在两个步骤中实现的。首先，文本tranlated为标记相关的单词序列。其次，正则表达式模式中搜索令牌序列。 。火柴被翻译回自然语言的句子和作为提供基于HTML5的输出，允许手动策展人进行排序，并为进一步的阅读和信息提取率匹配 要求 ...

VULCAN项目提供计算流体动力学分析。VULCAN（粘性迎风算法的复杂流量分析）提供了亚音速计算流体动力学通过高超声速湍流反应和对各种串行和并行计算平台的非反应流。推进流分析的计算成本是通过使用特殊的紊流壁处理，多网格方法椭圆和空间推进计划减小，并且方程的调理，以减少数值刚度。物理建模能力通过纳入模型压缩，雷诺应力各向异性，湍流扩散，有限率化学，湍流/化学反应相互作用效果的提高。VULCAN可以模拟二维，三维，或轴对称多块的问题 什么在此版本中是新的： ...