必须有 生物信息学 为 Linux

虾虎鱼是用虾虎鱼下一代数据管理框架创建用于读取二进制数据文件的Python API。通常情况下，这个目录当属完整的虾虎鱼包的一部分，可从：＆NBSP; HTTP：//goby.campagnelab.org/完整的软件包包括Java源代码。如果从PyPI上或其他一些Python特定的源下载这个包，你可能已经收到的代码只有Python的一部分。开发警告该虾虎鱼Python库并不像成熟的Java实现。它可能是更不稳定的，并非意在提供一套完整的被发现在Java版本的功能。安装：＆NBSP;...

HTSeq是一个Python框架来处理和分析来自高通量测序数据（HTS）测定 要求： <...

Jmol 是一个开源，跨平台和免费的图形软件，最初设计用作3D化学结构的分子查看器。它以四种独立模式运行，如HTML5...

LSim叠加大分子电子密度和计算的结构相似性得分。其计算线性扩展与分子的大小进行比较。的LSim路线在概念上是无关的生化结构元件，因此，是无偏和适当的用于结构只蛋白相似的研究。安装方式：解压缩分发文件：焦油-xzvf lsim-linux.tar.gz移动到文件目录：CD lsim.1.0.0复制，移动或可执行文件lsim链接到一个合适的位置 - 和确保lsim是通过PATH环境可变，例如访问：CP lsim的/ usr / local /...

MacMolPlt是一个现代化的图形程序绘制三维分子结构和正常模式（振动）。现代化的手段：...

MACS2是基于模型的分析工具的ChIP-SEQ数据。用的测序技术的改善，染色质免疫沉淀，随后通过高通量测序（芯片起）越来越流行，研究的全基因组蛋白-DNA相互作用。为了解决缺乏强大的芯片序列分析方法，提出了一种新的算法，命名为芯片-SEQ（MACS）基于模型的分析，确定谈话因子结合位点。 MACS捕获的基因组的复杂性，以评估富集芯片区域的意义的影响，和MACS提高了通过结合两种测序标签的位置和方向的信息的结合位点的空间分辨率。 。MACS可以很容易地用于芯片序列数据单独或与具有特异性的增加控制样品 ...

massXpert质谱包是线性的（生物）聚合物质谱环境。它继承了GNU polyxmass的所有的创新，因为它是一个项目一个跨平台开发环境的端口 什么在此版本中是新的： 的XpertMiner模块的改进，使处理列表更容易; 计算一个大的聚合物与低分辨率...峰形不会在重心平均价值为中心。的同位素簇时，这似乎修正错误的计算由一个全光谱模拟功能，它允许一个来计算谱（任选地与所有的同位素簇）通过给定的聚合物的裂解得到的低聚物的列表的基础上; 同上，但计算了一组从化学式启动M / z比后;...

MetagenomeDB是一个Python库设计，易于存储，检索和宏基因组注释和序列NBSP;。MetagenomeDB可作为对MongoDB数据库之上的抽象层。它提供了一个API来创建和修改，并连接两种类型的对象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列类）可以读，重叠群，PCR克隆等。＆NBSP;...

MISO（异构体的混合物）是用Python编写的概率框架，进行定量的表达水平与NBSP;从RNA测序数据的选择性剪接基因，并确定整个样本差异调节亚型或外显子。通过模拟的生成过程，其中读取来自于RNA测序亚型的生产，从MISO模型使用贝叶斯推断来计算该读出来自一个特定同种型的概率。MISO使用的读操作亚型定量底层一套替代mRNA异构体的丰度的推断分配。置信区间过度估计可以得到的，其量化所述估计值的可靠性。请参阅http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/的MISO手动和文档...

mpiBLAST是一个基于MPI并行实现NCBI BLAST的。该项目包括的一对替代FORMATDB和blastall与执行BLAST作业并行安装了MPI的计算机集群上的版本方案。有两个主要的优势，使用mpiBLAST与传统的BLAST。首先，mpiBLAST分割在每个节点的数据库集群中。因为数据库的每个节点的段是较小它通常可以驻留在缓冲区缓存，得到显著加速由于消除的磁盘I /...