最好的 生物信息学 为 Linux

Genepidgin是一套Python的工具，协助评估和分配基因产品名称及NBSP;有三个主要组成部分：genepidgin *清洁*＆NBSP;规范了每UNIPROT命名规则基因名称genepidgin *比较*＆NBSP;比较两个或更多组基因名称的genepidgin *选择*＆NBSP;从同源性证据vareity选择最适当的产品名欲了解更多信息，包括当前的发展状况，请访问Genepidgin的文档 要求： ...

STEPS是包在任意复杂的三维几何精确的随机模拟反应扩散系统。我们的堆芯模拟算法的Gillespie的SSA的实施方案，延长处理过的分子三维四面体网状物的元素的扩散。虽然它主要开发用于模拟在树突和周围神经突触的信号通路的详细模型，它是一个普通的工具，可以用于研究任何生化途径中的空间梯度和形态被认为发挥作用。我们已实现的步骤作为一组Python模块，这意味着步骤的用户可以使用Python脚本来控制建立模型，生成网格，控制模拟和产生和分析输出的所有方面。核心计算例程仍实现为用于执行的最大速度的C / C...

TRMiner是一个Python的工具，旨在科学数据策展人＆NBSP;它允许快速修剪科学出版物的大集合相关的一个给定的挖掘目标句子。这是在两个步骤中实现的。首先，文本tranlated为标记相关的单词序列。其次，正则表达式模式中搜索令牌序列。 。火柴被翻译回自然语言的句子和作为提供基于HTML5的输出，允许手动策展人进行排序，并为进一步的阅读和信息提取率匹配 要求 ...

生物信息学标杆体系是要建立一个合理的测试框架，测试和数据，以使最终用户和厂商探讨他们的系统的性能的一种尝试。我们现在要做的是创建一个用于测试的框架，以及测试核心组都可以下载并使用探测系统性能的具体内容。此外，源头上这些测试是根据GPL提供，并托管在Bioinformatics.org和可扩展的情报有限责任公司的想法是，以使最终用户，消费者，系统开发商，和其他人轻松地构建和使用的测量和调整的原因有意义的测试。乔兰德曼从可扩展的情报LLC构思的想法，并写了原来的代码。我们正在寻找更多的基准码建议，测试，数据集等...

施塔登包是一个全面发展的一套DNA序列组装（Gap4），编辑和分析工具（旋转）为Unix，Linux和MacOSX上和MS Windows的。在Gap4面前出现了几次小的加入相关改进如何得分加盟查找内部联接和在加入编辑器中的对齐按钮的功能。还后果gap4的是各种变化io_lib（该库所有I /...

AREM是一款基于MACS（基于模型分析的ChIP-SEQ数据）。高通量测序耦合到染色质免疫沉淀（芯片起）被广泛用于表征基因组范围的转录因子，辅因子，染色质改性剂，和其它DNA结合蛋白结合模式。在芯片起数据分析的一个关键步骤是由映射高通量测序短读取到参考基因组，并确定富含短读取峰值区域。虽然有几种方法已经被提出用于芯片起分析，大部分现有ACTUAL方法仅考虑读取，可以唯一地放置在参照基因组，并因此具有低的功率，用于检测峰值LO-重复序列内cated。在这里，我们介绍一种概率进近的芯片起的数据分析，利用所有的...

seriesoftubes是一个扩展的管道的Solexa芯片起的数据。包文件 要求...

MetagenomeDB是一个Python库设计，易于存储，检索和宏基因组注释和序列NBSP;。MetagenomeDB可作为对MongoDB数据库之上的抽象层。它提供了一个API来创建和修改，并连接两种类型的对象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列类）可以读，重叠群，PCR克隆等。＆NBSP;...

印章是一个Python模块，提供Hadoop的序列比对。密封的MapReduce的应用生物序列比对。它运行在Hadoop（http://hadoop.apache.org）通过Pydoop（http://pydoop.sourceforge.net），一个用于Hadoop的Python的MapReduce和HDFS API。 要求： ...

MISO（异构体的混合物）是用Python编写的概率框架，进行定量的表达水平与NBSP;从RNA测序数据的选择性剪接基因，并确定整个样本差异调节亚型或外显子。通过模拟的生成过程，其中读取来自于RNA测序亚型的生产，从MISO模型使用贝叶斯推断来计算该读出来自一个特定同种型的概率。MISO使用的读操作亚型定量底层一套替代mRNA异构体的丰度的推断分配。置信区间过度估计可以得到的，其量化所述估计值的可靠性。请参阅http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/的MISO手动和文档...