最好的 生物信息学 为 Linux

Ghemical是在GNU GPL下发布的计算化学软件。这意味着，包完整的源代码可用，并且用户可以自由地研究和修改程序包。 Ghemical是用C ++编写。Ghemical项目具有图形用户界面（这是基于GNOME），并且支持量子力学（半经验和从头）模型和分子力学模型（还有一个实验荣誉学位5.2样力场有机molecu也为减少蛋白质的模型[1]的一个工具是包括在内。几何优化，分子动力学和一大组的可视化工具目前已经上市。Ghemical依靠外部码以提供量子力学计算。半经验方法MNDO，MINDO /...

massXpert质谱包是线性的（生物）聚合物质谱环境。它继承了GNU polyxmass的所有的创新，因为它是一个项目一个跨平台开发环境的端口 什么在此版本中是新的： 的XpertMiner模块的改进，使处理列表更容易; 计算一个大的聚合物与低分辨率...峰形不会在重心平均价值为中心。的同位素簇时，这似乎修正错误的计算由一个全光谱模拟功能，它允许一个来计算谱（任选地与所有的同位素簇）通过给定的聚合物的裂解得到的低聚物的列表的基础上; 同上，但计算了一组从化学式启动M / z比后;...

CWC模拟器是一个C ++实现化学武器公约，一个微积分的代表性和模拟生物系统＆NBSP的;安装成功后（请参阅安装），你就可以运行模拟了CWC机型，如在一些实例（见例子/）。（命令行）界面作为一个普通的用户，你应该运行：-i model.cwc-o -t -s -n -c --qt阈值-q -w 其中： - 是可执行文件的名称（默认：SCWC）;＆NBSP; - model.cwc是输入CWC程序（见例子）;＆NBSP; - 统计数据是输出文件的前缀;＆NBSP; - ...

貘是一个Python的工具，它包含程序估算并绘制系统发育信息量用于大型数据集。引用貘当使用貘，请引用： - 公元前费尔克洛思，长安Ĵ，阿尔法罗ME：貘使系统发生信息量的高通量分析。 - 汤森JP：仿形系统发育信息量。系统生物学。 2007年，56：222-231。 - 池塘SLK，弗罗斯特SDW，缪斯SV：的HyPHY：假设使用系统发育测试。生物信息学2005，21：676-679。安装目前，安装程序最简单的方法是：混帐混帐克隆：//github.com/faircloth-lab/tapir.git...

生物信息学标杆体系是要建立一个合理的测试框架，测试和数据，以使最终用户和厂商探讨他们的系统的性能的一种尝试。我们现在要做的是创建一个用于测试的框架，以及测试核心组都可以下载并使用探测系统性能的具体内容。此外，源头上这些测试是根据GPL提供，并托管在Bioinformatics.org和可扩展的情报有限责任公司的想法是，以使最终用户，消费者，系统开发商，和其他人轻松地构建和使用的测量和调整的原因有意义的测试。乔兰德曼从可扩展的情报LLC构思的想法，并写了原来的代码。我们正在寻找更多的基准码建议，测试，数据集等...

E-Cell系统是在计算机上虚拟构造单元的概念。E-Cell系统是一个面向对象的软件套件进行建模，仿真和大型复杂的系统，如生物细胞，经高桥耕一架构，并通过编写一个美妙的开发团队分析。系统，E-Cell模拟环境版本3，核心部分允许具有不同时间尺度的共存受到多个算法许多组件。电子电池项目是一个国际研究项目旨在开发必要的理论支持，技术和软件平台，允许精确的全细胞模拟。E-Cell系统由以下三个主要部分组成： - E-Cell模拟环境（或E-Cell SE） - E-Cell模拟环境（或E-CELL ME）...

橙生物信息学是一个橙色的数据挖掘软件附加＆NBSP;它扩展橙在生物信息学的基本任务提供常用功能。它还提供了小部件橙色帆布，使用户谁是不是程序员来管理芯片和基因组数据流量和通过结合常见的数据分析工具，以满足他们的需求来定制他们的分析。文档被找到在：http://orange-bioinformatics.readthedocs.org/Requirements:Python...

NEO（神经合奏的对象），是一个项目，提供一套通用的基类神经的数据分析中使用，以获得OpenElectrophy，NeuroTools或许其他项目有类似目标的更紧密的目的。两个主要的目标已经确定，到目前为止：＆NBSP; *第一个里程碑是提供一种用于处理电生理（体内和/或模拟的）数据定义通用类名和概念。＆NBSP; *第二个里程碑是重新实现这些抽象类，因为这会满足两个项目的模块。该项目背后的人来讨论非常开放。任何反馈是很高兴的欢迎和高度赞赏 要求： ...

reciprocal_smallest_distance是使用全局序列比对和序列之间的最大似然进化距离准确地检测基因组之间的同源基因成对直向算法。安装从压缩包下载并解压最新版本github上：CD〜卷曲-L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz...