最好的 生物信息学 为 Linux

MetagenomeDB是一个Python库设计，易于存储，检索和宏基因组注释和序列NBSP;。MetagenomeDB可作为对MongoDB数据库之上的抽象层。它提供了一个API来创建和修改，并连接两种类型的对象，即序列和集合：＆NBSP; *序列（序列类）可以读，重叠群，PCR克隆等。＆NBSP;...

SSuMMo是功能设计围绕反复使用HMMER以序列分配到类群＆NBSP库;结果在很大程度上注明树显示，社区内的物种/属分布。包含源代码程序，包括工具： - - 建立隐马尔可夫模型的层次数据库 - dictify.py; - 分配序列公认的分类名称 - SSUMMO.py; - 分析生物多样性，采用辛普森，香农与其他方法 - rankAbundance.py; - 可视化结果带有明显的能力，很容易交叉对比数据集进化树 - comparative_results.py -...

tigreBrowser是从蒂格雷 - [R包结果的基因表达模式浏览器（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）。安装：tigreBrowser需要Python版本> = 2.5。...

MACS2是基于模型的分析工具的ChIP-SEQ数据。用的测序技术的改善，染色质免疫沉淀，随后通过高通量测序（芯片起）越来越流行，研究的全基因组蛋白-DNA相互作用。为了解决缺乏强大的芯片序列分析方法，提出了一种新的算法，命名为芯片-SEQ（MACS）基于模型的分析，确定谈话因子结合位点。 MACS捕获的基因组的复杂性，以评估富集芯片区域的意义的影响，和MACS提高了通过结合两种测序标签的位置和方向的信息的结合位点的空间分辨率。 。MACS可以很容易地用于芯片序列数据单独或与具有特异性的增加控制样品 ...

edittag是一个应用集设计集编辑度量序列标签，检查序列标签对构象到编辑度量，和整合序列标签对特定平台的测序接头和PCR引物。 edittag不同于其他的方法：＆NBSP; * edittag生成编辑度量序列标签使用多合理的时间框架任意长度＆NBSP; * edittag产生编辑度量序列标签集符合所选择的编辑距离＆NBSP; *使用edittag：引物进行整合序列标签PCR引物我们提供了多种大型成套编辑指标序列标签以下格式使用edittag设计的：＆NBSP; *文本 -...

MacMolPlt是一个现代化的图形程序绘制三维分子结构和正常模式（振动）。现代化的手段：...

picme是包含项目估算并绘制系统发育信息量用于大型数据集Python包。安装目前，安装程序最简单的方法是：混帐混帐克隆：//github.com/faircloth-lab/picme.git /路径/到/ picme运行测试：CD /路径/到/ picme /蟒蛇测试/...

SyntenyMiner是一个应用程序可视化和查询多个完整的基因组序列之间的比较。该接口提供匹配的通航，以便参考基因组序列。序列之间的匹配不同基因组染色体可以进一步审查的散点图的背景下，揭示大型和小型规模的基因组rearragements包括倒置，插入/缺失，易位和...

ProteinShop是用于操纵蛋白质结构的交互式工具。它被设计用来快速创建使用人类的知识和直觉一组蛋白质配置。这些配置可以进行局部或全局优化。虽然ProteinShop不进行全局优化过程本身，它提供了一个框架可用于与一个全局优化过程互动这可能是一个远程计算机上运行。ProteinShop提出了三种级别的功能Ⅰ级：显示一个三维的蛋白质结构...

PySCeS是由三重-J组的分子细胞生理学＆NBSP开发的项目;以尽量模型和理解复杂的流程和系统，从而弥补了活细胞 特点： 在一个基于文本的模型描述语言在结构分析模块。在集成的实时仿真在非线性求解器稳态分析进行代谢控制分析模块对于表现出多稳态系统的一个分支模块在各种额外的参数扫描，数据输出和打印utilites。在动态模块加载框架。在SBML导入和导出功能。 要求： ...